——《Nature》《Cell》《Science》作者的共同选择
荧光定量PCR是一类高灵敏的实验,要求实验人员操作高度精细化。因此,在进行qPCR实验过程中,我们总是不可避免的会遇到问题:
一、 非实验因素的相关问题
• 实验室qPCR实验项目多,仪器被占用,辛苦配制后的反应体系不知如何处置
• 定量样品多,加样任务繁重,眼花目眩担心加样错误,实验结果不可信
• 上机时间长,上机实验次数受限,实验任务不能按计划定期完成
• 实验室仪器更换新仪器,实验室定量仪器多,定量试剂与仪器不匹配
二、 受实验因素限制的问题
• 低丰度基因定量问题
• 复杂的引物设计与筛选过程、灵敏度、复孔重复性……
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翌圣生物作为研发qPCR试剂的资深厂家,匠心研发了一款高性能qPCR预混液——Hieff UNICON® Universal Blue qPCR SYBR Green Master Mix,可以一次性解决上述实验烦恼。其中Universal ROX替代了传统ROX,弥补不同仪器平台的光程差,实现了适合所有qPCR仪器。另外,产品采用抗体法修饰,同时配方添加了基因扩增的促进因子,产品的扩增性能大大提升,完美兼容了科研端老师对高性能的需求与工业端企业高效率的要求。
产品特点
全仪器平台通用:预混特定类型参比染料,无需调整ROX浓度
易于示踪:蓝色预混液,观察颜色可直接区分是否加样
强稳定性:室温配制体系,配制后的体系可4℃放置24 h,检测结果无变化
上机快速:兼容常规程序与快速程序,最快46 min完成定量实验
扩增性能好:扩增效率高,特异性好,可检测个位拷贝数基因
产品性能
1、 全平台通用:适用于所有qPCR机型
图1. Hieff UNICON® Universal Blue 预混液可实现全平台通用。
针对不同仪器平台,与T品牌对比,Hieff UNICON® Universal Blue 预混液Ct值起峰更加靠前。以2 µL的质粒10倍梯度稀释液为模板,扩增IL23R基因。
2、灵敏度高:可检测至单拷贝
图2. Hieff UNICON® Universal Blue 预混液可有效检测7个数量级范围的模板量,扩增效率高,可在宽广的线性范围内获得良好的线性关系。
以2 µL的106-100拷贝的质粒为模板,扩增人IL23R基因。
3、检出率和特异性良好:广泛适用于30-70%GC含量的扩增子
图3. Hieff UNICON® Universal Blue预混液广泛适用于30-70%GC含量的扩增子,保证了极高的特异性检出率。
以2 µL的293T cDNA为模板,利用Primer5软件设计1000对长度为200 bp扩增子(GC%含量30%-70%)的引物,随机扩增其中的27个扩增子。
4、分辨率高:可精准分辨2倍模板浓度差异
图4. Hieff UNICON® Universal Blue 预混液可精准区分2倍模板浓度差异。
以2 µL的293T cDNA原液的2倍梯度稀释液为模板,扩增GAPDH基因。
5、复孔重复性好:90个复孔
图5. Hieff UNICON® Universal Blue预混液具备良好的重复性,90个复孔的扩增曲线高度重合,Ct值标准偏差<0.2。
以1 µL的293T cDNA为模板,扩增GAPDH基因。
6、良好的稳定性:预混液反复冻融50次不影响扩增性能
图6. Hieff UNICON® Universal Blue预混液反复冻融50次,扩增性能无变化。
以1 µL的293T cDNA为模板,使用不同冻融次数的预混液,扩增C2orf68基因。
客户反馈
复旦大学附属妇产产科医院
样本来源:小鼠卵巢癌细胞系ID8,HM1
浙江大学
样本来源:小鼠附睾脂肪RNA
中科院植生所
样本来源:拟南芥叶片RNA
翌圣qPCR Mix部分发表高分文献
[1] Yu Q, Liu S, Yu L, et al. RNA demethylation increases the yield and biomass of rice and potato plants in field trials. Nat Biotechnol. 2021. (IF 54.908)
[2] Dong W, Zhu Y, Chang H, et al. An SHR-SCR module specifies legume cortical cell fate to enable nodulation. Nature. 2021. (IF 49.962)
[3] Bi X, Wang K, Yang L, et al. Tracing the genetic footprints of vertebrate landing in non-teleost ray-finned fishes. Cell. 2021. (IF 41.582)
[4] Liu S, Hua Y, Wang J, et al. RNA polymerase III is required for the repair of DNA double-strand breaks by homologous recombination. Cell. 2021. (IF 41.582)
[5] Lu XY, Shi XJ, Hu A, et al. Feeding induces cholesterol biosynthesis via the mTORC1-USP20-HMGCR axis. Nature. 2020.(IF 49.962)
[6] Liu CX, Li X, Nan F, et al. Structure and Degradation of Circular RNAs Regulate PKR Activation in Innate Immunity. Cell. 2019. (IF 41.582)
[7] Han X, Wang R, Zhou Y, et al. Mapping the Mouse Cell Atlas by Microwell-Seq. Cell. 2018(IF 41.582)
常见问题解析:
1. 引物设计技巧
1)引物最好应设计成跨越一个外显子-外显子连接,其中一条扩增引物可以潜在地跨越实际外显子-内含子边界。这种设计可以减少从污染的基因组DNA中扩增到假阳性的风险。
2)引物应具有特异性。引物设计完成以后,应对其进行BLAST检测。
3)引物长度一般在18~27 bp,不应过长否则导致其延伸温度过高,不适于Taq DNA 聚合酶反应。
4)引物GC含量在40%~60%,GC含量过高或过低都不利于反应。上下游引物的GC含量不能相差太大。另外,上下游引物的Tm值是寡核苷酸的解链温度,即在一定盐浓度条件下,50%寡核苷酸双链解链的温度。有效启动温度,一般高于Tm值5~10℃。可按公式Tm= 4(G+C)+2(A+T)估算引物的Tm值,也可以通过软件如Primer Premier或者网页工具计算引物Tm值。
5)引物3′端不能选择A,引物3′端错配时,不同碱基引发效率存在着很大的差异,当末位的碱基为A时,即使在错配的情况下,也能有引发链的合成,而当末位链为T时,错配的引发效率大大降低,G、C错配的引发效率介于A、T之间,所以3′端最好选择T。
6)碱基要随机分布,不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端不应超过3个连续的G或C,因这样会使引物在GC富集序列区错误引发。
7)引物自身及引物之间不应存在互补序列,否则引物自身会折叠成发夹结构使引物本身复性。这种二级结构会因空间位阻而影响引物与模板的复性结合。引物自身不能有连续4个碱基的互补。两引物之间也不应具有互补性,尤其应避免3′ 端的互补重叠以防止引物二聚体的形成。引物之间不能有连续4个碱基的互补。引物二聚体及发夹结构如果不可避免的话,应尽量使其DG值不要过高。
8)PCR产物的长度通常控制在80-300 bp,为了保证扩增效率,在设计引物时要考虑PCR产物的长度。
2. 异常结果分析
1)无Ct值出现
①采集荧光信号的步骤有误:在退火/延伸结束采集信号;
②引物降解:可通过PAGE电泳检测其完整性;
③模板量不足:对未知浓度的样品应从系列稀释样本的最高浓度做起;
④模板降解:避免样品制备中杂质的引入及反复冻融的情况。
2)Ct值出现过晚(Ct>35)
①扩增效率低:反应条件不够优化,引物设计存在问题,可试用三步法进行反应,也可适当降低退火温度等;
②PCR产物太长:一般采用80-150bp的产物长度。
3)标准曲线线性关系不佳
①加样存在误差:使得标准品不呈梯度;RNA模板推荐使用1×TE缓冲液进行梯度稀释,DNA模板推荐使用ddH2O稀释。
②标准品出现降解:应避免标准品反复冻融,或重新制备并稀释标准品;
③引物设计不佳:重新设计引物;
④模板中存在抑制物,或模板浓度过高。
4)NTC有扩增(Ct<32)
①引物设计不够优化:应避免引物二聚体和发夹结构的出现;
②引物浓度不佳:适当降低引物的浓度,并注意上下游引物的浓度配比;
③气溶胶污染:扩增产物泄露很容易在实验室中引发气溶胶污染,一旦污染,定量检测结果就会不准确。推荐使用DNA/RNA Remover 核酸气溶胶污染清除剂。
5)扩增效率低
①引物设计不够优化;
②反应条件不够优化:可适当降低退火温度或改为三步扩增法;
③反应体系中有PCR反应抑制物:一般是加入模板时所引入,应先把模板适度稀释,再加入反应体系中,减少抑制物的影响。
订购信息
产品定位 |
产品名称 |
产品货号 |
规格 |
高灵敏通用型定量预混液(染料法) |
11184ES03 |
1 mL |
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11184ES08 |
5×1 mL |
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11184ES50 |
10×5 mL |
||
11184ES60 |
20×5 mL |
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