每种细胞器都含有一套特有的蛋白质，它们负责调控和执行上述功能，细胞内的所有蛋白质需穿梭于不同的亚细胞结构之间以执行其功能。因此，了解蛋白质在特定时刻的亚细胞定位，对于阐释其在细胞内的功能至关重要。这些细胞器特有的蛋白质可作为重要参照，用于研究与相应细胞器相互作用或途经该细胞器的其他蛋白质。

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