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熔解曲线异常及原因分析

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2026-07-01

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作为一名天天在实验室埋头做qpcr的科研民工来说,qPCR需要看哪些曲线哪些指标大家一定不陌生,首先,扩增曲线要是一个平滑的S型曲线,CT值15-35之间。当然,除了要看扩增曲线和CT值,熔解曲线也要看,毕竟这是判断我们的产物是否特异,实验结果是否具备可信度的一个非常明显且有效的标准。标准的熔解曲线的特性:= 单峰 + 光滑 + 峰窄,Tm值通常在80℃-90℃之间。但是现实中大家肯定遇到过各种各样奇奇怪怪的峰型,今天就列举一些常见的熔解曲线图,给大家一一解析。

一、异常曲线图鉴及“抢救”方案

1. 双峰,且小峰在80℃之前(通常75℃左右)

 

特征:主峰右边(或左边)冒出一个小矮峰。

原因: 引物二聚体产生的峰。引物自结合,形成了很短的双链,Tm值自然偏低。

建议:

提高退火温度:把退火温度提高2-5℃。

降低引物浓度:引物太浓更容易配对,建议降低引物浓度试试

重新设计引物:如果怎么调都不行,说明引物设计有缺陷,需重新设计。

  

2. 双峰,但小峰在80℃之后

 

特征:主峰旁边出现一个温度较高的肩峰。

原因: 这是典型的非特异性扩增。可能是扩出了更长的片段,也可能是基因组DNA污染(gDNA)

建议:

排查gDNA:如果你的引物没有跨内含子,且样本是RNA反转录来的,大概率是gDNA污染。反转录时用DNase I处理,或者选择带gDNA去除的反转录试剂盒。

电泳验证:跑个胶看看,是不是扩增出了比目的片段更大的条带。

  

3. 单峰但不尖锐,峰型宽胖

 

特征:看起来像个“土包”,或者峰底很宽。

原因:有两种可能:一是存在大小相似的非特异产物跑分不开;二是目的片段本身GC含量过高导致结构不均一

建议:

高分辨率电泳:用3%的琼脂糖胶或者PAGE胶跑一下,看看到底是单条带还是两条带。

优化高GC内容:如果是GC含量高,试试添加5% DMSO或甜菜碱,或者换用专门的高保真高GC酶。

  

4. 阴性对照(NTC)也有峰

特征: 空白对照(水代替模板)也出现了明显的熔解峰。

原因:

Ct<35且峰形好:污染。可能是引物、水或者Mix里有DNA模板,或者旁边的阳性孔操作时候污染到了NTC

建议:

换新的水、新的引物,严格分区操作,必要时彻底清洁台面。

Ct>35且Tm<80℃:这是引物二聚体,尤其是在高循环数(35个循环后)出现属于常见现象,只要不影响实验组数据可用性,问题不大

 

二、硬核产品推荐:让“异常”退!退!退!

说了这么多,其实选对“装备”能省一大半心。一款好的qPCR试剂,必须具备扩增特异性强的特点。

以下是经过市场验证的“实力派”,建议收藏:

11185产品特色

· 特异性高:抗体法热启动&Buffer优化,最大程度减少二聚体生成

· 灵敏度高:可有效检测低拷贝数模板

· 高荧光值:荧光信号值更高,曲线线型更好,信噪比更高

· 精密度好:可精准区分2倍模板差异,复孔间差距小

· 多平台适用:适用于多种qPCR仪器,无需调整ROX浓度

  

· 特异性高

 

图.以人源cDNA为模板,扩增56组不同GC含量的基因片段(部分曲线如上方展示),结果显示,11185ES的特异性优于其他品牌,数据统计显示11185ES在这些样本中非特异性概率约为5.4%,其他品牌在同种样本中的非特异性概率约为53.6%。

  

 

· 灵敏度高

 

图.分别在不同类型仪器上以101-107拷贝的IL23R质粒为模板,扩增IL23R基因。结果显示在不同浓度模板下,11185ES的灵敏度更加优秀,Ct值更小,同时荧光平台期更高,曲线线型更好,信噪比更高。

· 精准区分2倍模板差异

 

图.分别以稀释10倍、20倍、40倍、80倍、160倍、320倍、640倍的人源cDNA为模板,扩增人GAPDH基因。测试结果显示11185ES能有效区分2倍模板浓度差异。

 

 

 

*备注:模板浓度差5倍,Ct值则相差2.322,22.322=5

图.分别以人源cDNA原液稀释了20倍、100倍和200倍的cDNA为模板,扩增60%GC含量的基因片段。数据显示11185ES针对不同浓度模板的分辨率优于其他品牌,且荧光值更高,曲线线型更好,信噪比更高。

 

 

 

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