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翌圣解决方案|“后疫情时代”不明原因肝炎、猴痘再掀波澜
人类的发展史也是人类与疾病斗争的历史,例如伤寒(伤寒杆菌)、天花(天花病毒)、麻疹(麻疹病毒)、鼠疫(鼠疫耶尔森菌)等都曾夺走无数人的生命,给人们带来的恐惧至今仍然挥之不去。即使进入21世纪,针对病原体的治疗与疫苗接种大大降低了感染性疾病的影响,但随着新发病原微生物的出现、耐药病原微生物的增多,感染的发病率和死亡率仍居高不下。2018年,据世界卫生组织( WHO) 统计数据显示,全球每年约有1500万人死于感染,约占全球每年总死亡率的25.5%。感染性疾病对全球公共卫生重大威胁。
 
如今历史可能又要重演。2019年底爆发的“新冠”疫情至今仍未平息,截止到2022年5月26日,全球累计感染患者超5.2亿,累计死亡人数超630万,并演变出Alpha、Beta、Gamma、Delta、Omicron等至少11个亚种,有愈演愈烈的态势。正值Omicron肆虐全球之际,不明原因儿童肝炎的报道又引起轩然大波,目前,已有20个国家报告了至少348例不明病因儿童肝炎疑似病例,造成至少5名儿童死亡。一波未平,一波又起,从5月7日英国首次通报发现猴痘疫情,截止到2022年5月24日,全世界范围内已报告猴痘病例131例,另有疑似猴痘病例106例,最近多个欧洲国家研究团队发布新一轮猴痘病毒基因测序报告显示,猴痘已经在欧洲发生了大规模的社区传播,这更是将世界紧张氛围推向冰点。

什么是不明原因儿童肝炎、猴痘?

不明原因儿童肝炎

临床表现:急性肝炎,大多出现呕吐和腹泻症状、眼睛和皮肤发黄、肝脏肿大,部分患者出现了上呼吸道症状。
发病病因:所有患者均排除甲、乙、丙、丁和戊型肝炎,但“罪魁祸首”是否是腺病毒(双链DNA),众多专家学者仍在激烈争论中,此外,腺病毒多达50多种。

猴痘

临床表现:发烧、头痛、嗜睡、虚弱乏力、淋巴结肿大、背部疼痛和肌肉疼痛等症状,发烧后的1至5天内,患者的面部开始出现大小不等的皮疹。虽然正痘病毒和“天花”病毒是近亲,但其人际传播效率、感染死亡率(3%-6%)均远低于天花。
发病病因:是一种人畜共患的正痘病毒(双链DNA病毒)感染所致。

mNGS助力精准锁定病原

不明原因儿童肝炎的“主要嫌疑犯”腺病毒41型有多达50多种亚种,还有其它可能共同引发肝炎的病原微生物仍未得到确认,目前主流厂商推出不明肝炎qPCR检测试剂盒主要针对41型腺病毒进行检测,即使是通用版本也只是检测12种腺病毒(1、2、3、4、6、7、11、14、15、55、40和41型),因此qPCR检测通量有限,加上病毒突变的可能,增加了漏检的风险。
同时,法国研究团队基于illumina平台测序发现,相较于2018年在英国发现的猴痘病毒基因,这四份猴痘病毒基因样本出现了46个单核苷酸多态性位点((SNPs)和3个缺失,提示猴痘病毒的核苷酸变异率显然超乎人的预期,全球更应该警惕和持续监控其突变菌株。
此外,猴痘、不明原因肝炎通常会诱发的患者并发症,如感染性的休克、呼吸衰竭、肝肾功能衰竭等,导致重症感染的患者的形成,这样一来致病病原高达数种甚至十几种(长期用药可能形成耐药病原菌),这要求一种技术能全面检测样本所有病原菌,即使是发生基因突变的病原菌也能检测到。毫无疑问mNGS完美契合这个需求。
回溯历史,这位沙场老将参与过2016年塞卡病毒鉴定,2019年,新冠疫情爆发后短短几天的时间,mNGS迅速确定这是新型冠状病毒,自此一战成名!后续更是持续助力新冠突变种Alpha、Beta、Gamma、Delta、Omicron溯源和动态监控,因此mNGS的可靠性和稳定性得到了实战验证。

DNA&RNA共建库:不明感染的克星

产品:

Hieff NGS® ds-cDNA Synthesis Kit(Cat#13488)
Hieff NGS® OnePot cDNA&gDNA Library Prep Kit(Cat#13502)

特点:

1)起始量兼容广:500pg-1μg RNA、DNA均能建库成功;
2)模块自由组合:Cat#13502可进行DNA建库,搭配Cat#13488可进行DNA&RNA共建库,模块灵活搭配,经济便捷;
3)极速实验时间:3 h内完成共建库。

实验流程

 
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图1.RNA&DNA共建库流程

性能展示

1

建库性能

不同起始量标准品RNA、小牛gDNA进行建库测序,500pg-1μg RNA、DNA均能建库成功。
表1.DNA建库性能

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表2.RNA建库性能

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不明原因肝炎、猴痘病原快速检测,

翌圣IVD解决方案

目前不明原因肝炎、猴痘主流检测方案是qPCR。圣湘生物、达安基因、硕世、之江等多家上市公司宣布,已储备猴痘病毒核酸检测试剂盒。其中之江生物、凯普生物、达安基因等多家IVD企业的猴痘病毒试剂盒已获CE认证。针对qPCR检测方式,翌圣提供样本提取(直扩免提取)、检测预混液(含UDG全预混)以及可靠的检测原料(单酶、核苷酸),同时翌圣推出试剂、原料定制开发服务(IVD RDC),帮助客户快速上市分子诊断试剂盒。
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图2.翌圣IVD RDC可定制产品线

产品详情

产品类型

产品描述

产品名称

货号

DNA&RNA共建库

RNA逆转录

Hieff NGS® ds-cDNA Synthesis Kit

13488ES

cDNA&gDNA建库

Hieff NGS® OnePot cDNA&gDNA Library Prep Kit

13502ES

样本提取试剂

直扩免提取

MolPure® Magnetic Swab Viral DNA/RNA Kit

18300ES

核酸释放剂

Nucleic Acid Release Reagent V2

13720ES

检测预混液

全预混(含UDG

Hieff Unicon® TaqMan Multiplex qPCR Master Mix (UDG plus)

13171ES

耐抑制高灵敏度

Hieff Unicon® Universal TaqMan multiplex qPCR master mix

11211ES

单酶

热启动Taq

Hieff Unicon® HotStart Direct Taq DNA Polymerase (5 U/μL)

10717ES

热启动Taq

Hieff UNICON® HotStart Fast Taq DNA Polymerase (5 U/μL)

10723ES

热启动Taq

Hieff UNICON® Hotstart High Specific Taq DNA Polymerase (5 U/μL)

10726ES

Taq酶双封闭抗体

Hieff® Double- Block anti-Taq DNA Polymerase Antibody

31303ES

热敏UDG

Uracil DNA Glycosylase (UDG),heat-labile

10303ES

Bst

Bst II plus DNA Polymerase

14402ES

核苷酸

dNTP Set

dNTP Set Solution (dATP,dCTP,dTTP,dGTP,100 mM each )

10122ES

dATP

dATP Solution (100 mM)

10118ES

dCTP

dCTP Solution (100 mM)

10119ES

dTTP

dTTP Solution (100 mM)

10120ES

dGTP

dGTP Solution (100 mM)

10121ES

dUTP

dUTP (100 mM Solution)

10128ES

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