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DNase I——单细胞前处理隐藏但必用的实用酶

背景介绍

单细胞实验上机前,需要对样本进行前处理。单细胞悬液制备结果好,那整个单细胞实验也算是成功一大半了。

在细胞解离过程中,细胞结团的问题时常发生。细胞结团时,若团块较大,会影响单细胞捕获率或者双胞率。这些细胞团块的产生是因为样本制备过程中产生的环境压力加速了样本内细胞的死亡,从而导致一些凋亡细胞释放出了DNA将周围细胞粘合在一起。这些释放出来的DNA分子需要使用DNase I消化。本实验操作以小鼠肺组织悬液制备操作来示例如何使用DNase I处理以减少单细胞悬液中的细胞团块。

Tips:在单细胞悬液制备过程中,DNase I 常常配合胶原酶或者透明质酸酶等联合使用,一般不会单独使用。

01

实验材料

  • 试剂:DNase I(Cat#10325ES)、胎牛血清FBS(Cat#40130ES)、HBSS(不含钙、镁离子和酚红)(Cat#60148ES)、RPMI培养基(Cat#41402ES)、PBS缓冲液(Cat#41403ES)、胶原酶IV(Cat#40510ES

  • 耗材:2 mL离心管(Cat#83504ES)、50 mL离心管(Cat#80507ES)、细胞过滤器70 μm(Cat#84702ES

  • 仪器:离心机、移液器

02

操作流程

1、FACS缓冲液:在500 mL PBS中加入2%的胎牛血清FBS(v/v)和22 mM EDTA。

2、消化液:在RPMI培养基中制备2 mL由200 U/mL胶原酶IV和0.5 U/mL 脱氧核糖核酸酶I(DNase I)组成的消化液。

注:不同的样本,需要的胶原酶类型不一样。

3、小鼠样本肺部组织分离。

4、将肺组织加入含有300 μL消化液的2 mL 离心管中,用剪刀将肺组织在离心管中剪成小块。

5、加入700 μL的消化液后,摇床上800 rpm 37℃孵育30 min。

6、将离心管取出后置于冰上孵育2 min。

7、加入40 μL 500 mM的EDTA溶液,冰上孵育2 min。

8、将70 μm的细胞过滤器置于50 mL离心管上,用FACS缓冲液润湿细胞过滤器。

9、将肺组织细胞悬液加入细胞过滤器上进行过滤。

10、加入9 mL FACS缓冲液到细胞过滤器上冲洗剩余的细胞。

11、扔掉细胞过滤器,将含有细胞悬液的50 mL离心管盖上管盖后,380 g离心7 min。

12、将细胞悬液用2 mL FACS缓冲液重悬细胞。

13、样本显微计数。

03

产品推荐

产品定位

产品名称

产品货号

产品应用

组织清洗与保存

PBS(1×)细胞培养级(不含Ca2+、Mg2+)

41403ES

经过过滤除菌的1x工作液,可以直接用于组织或细胞的洗涤以及其他常规用途

消化酶

胶原酶I(Type I Collagenase)

40507ES

适合上皮细胞、肝、肺、脂肪和肾上腺组织细胞的制备,重点

胶原酶II(Type II Collagenase)

40508ES

适合心脏、骨、肌肉、肝、甲状腺和软骨等组织来源细胞的制备,重点

胶原酶III(Type III Collagenase)

40509ES

适合乳腺细胞的制备

胶原酶IV(Type IV Collagenase)

40510ES

适合胰岛细胞的制备,或者需要维持受体完整性的细胞制备实验

胶原酶V(Type V Collagenase)

40511ES

适合胰腺小岛细胞和结缔组织细胞的分离

PerfCell™ Recombinant Trypsin(powder)重组胰蛋白酶

40512ES

适合粘性组织的消化

PerfCell Tryzyme™ Express 酶 (1X),无酚红,胰蛋白酶

40135ES

1x工作液可直接使用

Papain from papaya Latex,≥15 units/mg protein 木瓜蛋白酶

60373ES

适合神经组织消化

Dispase II 分散酶II

40104ES

用于分散细胞结团

Hyaluronidase 透明质酸酶

20426ES

常与胶原酶联用降解细胞外基质

Recombinant DNase I (RNase-free, Yeast)

10325ES

RNase残留,在复杂环境中也可以高效消化DNA,重点

Cellulase R-10 纤维素酶R-10 |CAS 9012-54-8

61001ES

用于裂解植物细胞壁,制备原生质体

Macerozyme R-10 离析酶R-10 | CAS 9032-75-1

61002ES

Pectolyase Y-23 果胶酶Y-23 |CAS 9033-35-6

61004ES

解离辅助试剂

DMEM高糖培养基(含L-谷氨酰胺,丙酮酸钠110mg/L;不含HEPES,双抗)

41401ES

高质量细胞培养基,可用于酶解液配置,可配置含血清的培养基,用于中止酶解反应

RPMI1640培养基(含L-谷氨酰胺;不含丙酮酸钠,HEPES,双抗)

41402ES

Hank's 平衡盐溶液(HBSS)含钙、镁离子,不含酚红,1X

60147ES

可用于酶解液配置,可配置BSA缓冲液,用于中止酶解反应

Earle's 平衡盐溶液(EBSS)含钙、镁离子和酚红,1X

60151ES

BSA,Protease Free牛血清白蛋白,无蛋白酶

36105ES

无蛋白酶,低内毒素,适合单细胞测序相关实验,可配置BSA缓冲液,用于中止酶解反应

Fetal Bovine Serum Gold (FBS)胎牛血清(特级)

40130ES

高质量血清,可配置含血清的培养基,用于中止酶解反应

细胞过滤

细胞过滤筛,100μm,独立包装,灭菌

84700ES

用于去除没有充分分散的细胞团、组织块或杂质,以及较大的细胞等。可根据不同需求选择筛网孔径大小

细胞过滤筛,40μm,独立包装,灭菌

84701ES

细胞过滤筛,70μm,独立包装,灭菌

84702ES

密度梯度离心

Percoll

40501ES

密度梯度分离介质,可以根据不同密度分离淋巴细胞或者去除细胞碎片,重点

Ficoll 400

40502ES

红细胞裂解

Red Blood Cell Lysis Buffer红细胞裂解液

40401ES

可以用于哺乳动物血液和组织中的红细胞去除,重点

提核相关试剂

Murine RNase inhibitor (40 U/μL) 鼠源RNase抑制剂

10603ES

细胞核提取时使用,NP40体系选择,动物样本选此多,重点

超洁净猪源RNase抑制剂含甘油UCF.ME® High Affinity RNase Inhibitor (40 U/μL)

14675ES

细胞核提取时使用,Triton-100体系选择,植物样本选此多

DTT二硫苏糖醇

20311ES

还原剂,保持蛋白活性

Tween-20 吐温-20

60305ES

表面活性剂

Triton X-100, Molecular Biology Grade 曲拉通X-100(分子生物学级)

20107ES

NP-40 (Nonidet P 40) 乙基苯基聚乙二醇

20103ES

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