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众所周知,理想的PCR扩增是使DNA分子由1变2,2变4,以2n进行扩增的。但实际上,随着循环数的增加,体系中的Taq酶、dNTP、引物等逐渐被消耗并伴随着副产物的生成,使得PCR不能呈指数扩增,从而使实际的扩增曲线呈现“S”型,通常分为基线期、指数增长期和平台期三个阶段,如图1。
基线期是指PCR最开始的3-15个循环时期,这段时期扩增是存在的,但因循环次数较少,体系中双链DNA积累较少,荧光信号强度没有超过荧光本底信号,此时的荧光值对于机器来说很难准确检测。指数扩增期是指PCR产物的量增长最快的一个时期,理想条件下,是呈指数增长的,在这个时期由于样品间的细小误差尚未放大,所以复孔的荧光信号在这个时期相对一致。通常荧光阈值需要设置在此时期,荧光信号达到荧光阈值所经历的循环数称之为Ct值,故各复孔间的Ct值有较好的重复性(△Ct<0.5)。而平台期是指由于原料耗尽、反应副产物的产生等原因使得扩增变得缓慢的一个时期。此时期经过的循环次数较多,使样品间的细小差异被无限放大,从而导致复孔间平台期的荧光信号相差很大。
图1. 扩增曲线的三个阶段
下面为大家展示一个案例,以293T-cDNA的20倍稀释液为模板,扩增GAPDH基因,90个复孔(如图2)。
图2. 同一样品的90个重复的扩增曲线图
由图可以看出该实验的复孔重复性非常好,△Ct<0.5,符合MIQE标准。但平台期的荧光信号值均有差异。
综上:数据的有效性和复孔平台期荧光信号关系不大,主要与复孔间的△Ct有关,MIQE标准是△Ct<0.5。
在复孔△Ct<0.5的情况下,复孔平台期不同并不影响实验结果,但是有没有办法可以让复孔平台期荧光信号尽量一致呢?
1)qPCR各组分完全化冻后需要混匀。
2)采用预混的方式进行加样,保证体系的均一性。可以将除模板以外的试剂进行预混,分注至各管中.
3)模板浓度高时,可将模板稀释,提高加样体积,减少加样误差。
2、确保移液的精准度
加样过程需确保移液枪未出现漏气、漏液的情况,避免使用精准度差的移液枪或者不配套的枪头。
3、体系混匀并进行离心
体系加完后要用移液枪吹打并进行离心,以防试剂挂壁或者体系中有气泡造成实验结果不准确。
4、qPCR试剂的选择:选择“预混液”形式的qPCR试剂,反应体系只需加入引物和模板,大大简化实验的操作步骤,减少了加样误差。
好了,读到这里,您应该不会再用纠结复孔平台期荧光信号不同的事了吧?为了简化您的qPCR实验操作,让您的qPCR数据更完美,小翌为您推荐一款SYBR Green预混液:Hieff UNICON® Universal Blue qPCR SYBR Green Master Mix(Cat NO.11184ES),该产品是预混液形式的qPCR试剂(如图3),另外适合于所有的qPCR仪器平台,兼容快速程序,可以大大简化您的实验操作并能保证您实验结果的准确性。
图3. 适合于所有的qPCR仪器平台
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