MGISP-960 在16S测序中的应用:土壤DNA样本的自动化文库构建流程
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2026-08-07
目的:建立适用于土壤DNA的16S自动化建库流程
平台:MGISP-960(华大智造)
样本类型:土壤样本提取的DNA
可选择翌圣MolPure® Pro Soil/ StoolDNA Kit 增强版土壤/粪便 DNA 提取试剂盒(Cat#18527)。
该产品适配农田土、林地土、盐碱土、湿地淤泥、果园土、矿山土、栽培基质土、黑土、红土、黄土、沙土等。提取产物可进行土壤微生物 16S/ITS 高通量测序、宏基因组测序等。
下游应用:
16S 扩增子建库是通过提取样本总 DNA,利用特异性引物靶向扩增 16S rRNA 基因的高变区,并引入测序接头与样本标签,从而构建标准化测序文库的过程。该技术无需依赖微生物体外培养,即可高效、高通量地解析复杂环境中的细菌与古菌群落结构。
土壤 16S 扩增子建库的具体应用
l 土壤微生物多样性与群落结构解析:精准评估不同土壤样本中微生物的丰富度与均匀度(α多样性),以及不同生境间群落结构的差异(β多样性)。通过物种注释,全面揭示土壤中细菌和古菌在界、门、纲、目、科、属等分类阶元上的组成及相对丰度。
l 农业生态与土壤健康评估:研究根际微生物与植物生长的互作机制,评估不同耕作模式、施肥处理(如有机肥、化肥)或连作障碍对土壤微生态的影响。通过识别促生菌或病原菌的丰度变化,为土壤健康诊断与农业可持续发展提供数据支撑。
l 环境修复与污染监测:在重金属污染、石油降解、酸性矿水处理等环境治理场景中,追踪特定功能微生物(如降解菌、耐受菌)的演替规律。分析污染物胁迫下微生物群落的响应机制,评估生物修复效果及生态系统的恢复进程。
l 气候变化与生态响应研究:探究全球变暖、降水模式改变等极端气候事件对土壤微生物群落的影响。通过分析冷偏好型或暖偏好型细菌的丰度变化、微生物生态网络复杂性及碳降解基因响应,揭示土壤微生物在调节土壤碳氮循环和碳库动态中的核心机制。
l 极端与特殊生境微生物探索:针对冰川、火山、荒漠等极端环境下的土壤样本,挖掘适应极端条件的特殊微生物类群。研究这些特殊生境中微生物的生存策略、系统进化关系及其在地球生物化学循环中的潜在功能。
建库试剂盒:16S (V4) Bacterial AmpSeq Prep Kit For MGI /MGI平台16S扩增子建库试剂盒(Cat#12933)
文库类型:MGI文库
自动化耗材和数量:
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耗材名称 |
品牌 |
货号 |
所需数量 |
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250μL盒装滤芯透明无菌吸头 |
Yeasen |
83130ES |
6.5盒 |
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0.2mL 96孔PCR板,白色,全裙边 |
Yeasen |
83560ES |
6块 |
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96孔深孔板,U底(1.3 mL) |
Yeasen |
83672ES |
6块 |
实验条件:
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样本序号 |
1 |
2 |
3 |
4 |
5 |
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样本类型 |
土壤 |
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投入量 |
10ng |
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样本核酸浓度 |
33.4 |
107 |
92.2 |
79.6 |
161 |
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PCR Master Mix |
12.5 |
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16s Primer Mix |
2 |
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扩增循环数 |
28 |
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一轮纯化 |
22.5ul磁珠,25ul无酶水洗脱 |
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二轮投入量 |
取3ul一轮纯化产物 |
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Hieff Canace Amplification Mix |
12.5ul |
||||
|
primer |
2ul |
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扩增循环数 |
6cc |
||||
|
二轮纯化 |
22.5磁珠,25ul无酶水洗脱 |
||||
|
浓度(ng/ul) |
90.8 |
102 |
104 |
97.4 |
92.4 |
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文库胶图 |
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翌圣生物产品解决方案:
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产品类别 |
产品名称 |
货号 |
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核酸提取 |
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18527ES |
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16SrRNA建库试剂盒 |
16S(V3-V4)Bacterial AmpSeq Prep Kit For Illumina/ Illumina平台16S扩增子建库试剂盒 |
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6S(V3-V4)Bacterial AmpSeq Prep Kit For MGI |
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6S(V4)Bacterial AmpSeq Prep Kit For Illumina |
12834ES |
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多重扩增Mix |
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多重高保真Mix |
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16S全长扩增 |
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MGI建库接头 |
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Illumina建库接头 |
Hieff NGS® Stubby UDI Primer Kit for Illumina®Set1/Set2/Set3/Set4(板式) |
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纯化磁珠 |
Hieff NGS® DNA selection Beads (Superior Ampure XP alternative)DNA纯化分选磁珠 |
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文库定量 |
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自动化耗材 |
83130ES |
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|
83560ES |
||
|
83672ES |





