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MGISP-960 在16S测序中的应用:土壤DNA样本的自动化文库构建流程

16

2026-08-07

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目的:建立适用于土壤DNA的16S自动化建库流程

平台:MGISP-960(华大智造)

样本类型:土壤样本提取的DNA

可选择翌圣MolPure® Pro Soil/ StoolDNA Kit 增强版土壤/粪便 DNA 提取试剂盒(Cat#18527)。

该产品适配农田土、林地土、盐碱土、湿地淤泥、果园土、矿山土、栽培基质土、黑土、红土、黄土、沙土等。提取产物可进行土壤微生物 16S/ITS 高通量测序、宏基因组测序等。

下游应用:

16S 扩增子建库是通过提取样本总 DNA,利用特异性引物靶向扩增 16S rRNA 基因的高变区,并引入测序接头与样本标签,从而构建标准化测序文库的过程。该技术无需依赖微生物体外培养,即可高效、高通量地解析复杂环境中的细菌与古菌群落结构。

 

土壤 16S 扩增子建库的具体应用

l 土壤微生物多样性与群落结构解析:精准评估不同土壤样本中微生物的丰富度与均匀度(α多样性),以及不同生境间群落结构的差异(β多样性)。通过物种注释,全面揭示土壤中细菌和古菌在界、门、纲、目、科、属等分类阶元上的组成及相对丰度。

l 农业生态与土壤健康评估:研究根际微生物与植物生长的互作机制,评估不同耕作模式、施肥处理(如有机肥、化肥)或连作障碍对土壤微生态的影响。通过识别促生菌或病原菌的丰度变化,为土壤健康诊断与农业可持续发展提供数据支撑。

l 环境修复与污染监测:在重金属污染、石油降解、酸性矿水处理等环境治理场景中,追踪特定功能微生物(如降解菌、耐受菌)的演替规律。分析污染物胁迫下微生物群落的响应机制,评估生物修复效果及生态系统的恢复进程。

l 气候变化与生态响应研究:探究全球变暖、降水模式改变等极端气候事件对土壤微生物群落的影响。通过分析冷偏好型或暖偏好型细菌的丰度变化、微生物生态网络复杂性及碳降解基因响应,揭示土壤微生物在调节土壤碳氮循环和碳库动态中的核心机制。

l 极端与特殊生境微生物探索:针对冰川、火山、荒漠等极端环境下的土壤样本,挖掘适应极端条件的特殊微生物类群。研究这些特殊生境中微生物的生存策略、系统进化关系及其在地球生物化学循环中的潜在功能。

 

建库试剂盒:16S (V4) Bacterial AmpSeq Prep Kit For MGI /MGI平台16S扩增子建库试剂盒(Cat#12933) 

文库类型:MGI文库

自动化耗材和数量:

耗材名称

品牌

货号

所需数量

250μL盒装滤芯透明无菌吸头

Yeasen

83130ES

6.5盒

0.2mL 96孔PCR板,白色,全裙边

Yeasen

83560ES

6块

96孔深孔板,U底(1.3 mL)

Yeasen

83672ES

6块

 

实验条件:

样本序号

1

2

3

4

5

样本类型

土壤

投入量

10ng

样本核酸浓度

33.4

107

92.2

79.6

161

PCR Master Mix

12.5

16s Primer Mix

2

扩增循环数

28

一轮纯化

22.5ul磁珠,25ul无酶水洗脱

二轮投入量

取3ul一轮纯化产物

Hieff Canace Amplification Mix

12.5ul

primer

2ul

扩增循环数

6cc

二轮纯化

22.5磁珠,25ul无酶水洗脱

浓度(ng/ul)

90.8

102

104

97.4

92.4

文库胶图

 

 

翌圣生物产品解决方案:

产品类别

产品名称

货号

核酸提取

磁珠法土壤/粪便 DNA 提取试剂盒

18526ES

MolPure® Pro Soil/ StoolDNA Kit 增强版土壤/粪便 DNA 提取试剂盒

18527ES

MolPure® Soil DNA Kit 土壤DNA提取试剂盒

18815ES

16SrRNA建库试剂盒

16S(V3-V4)Bacterial AmpSeq Prep Kit For Illumina/ Illumina平台16S扩增子建库试剂盒

12983ES

6S(V3-V4)Bacterial AmpSeq Prep Kit For MGI
16S(V3-V4)细菌扩增子建库试剂盒(MGI)

12983ES

6S(V4)Bacterial AmpSeq Prep Kit For Illumina
16S(V4)细菌扩增子建库试剂盒(Illumina)

12834ES

16S(V4)细菌扩增子建库试剂盒(For MGI)

12933ES

多重扩增Mix

2×Hieff NGS® HG MμLtiplex PCR Master Mix

13283ES

2×Hieff® C2P4 Blood Direct MμLtiplex PCR Master Mix

13606ES

多重高保真Mix

2× Hieff Canace® Pro Amplification Mix

12980ES

16S全长扩增

Hieff NGS® Multiplex Long PCR Master Mix/ 长片段多重扩增酶

17228ES

MGI建库接头

Hieff NGS® Unique Dual Barcode Primer Kit for MGI®

13350-13353ES

Illumina建库接头

Hieff NGS® Stubby UDI Primer Kit for Illumina®Set1/Set2/Set3/Set4(板式)

12327-12330ES

纯化磁珠

Hieff NGS® DNA selection Beads (Superior Ampure XP alternative)DNA纯化分选磁珠

12601ES

文库定量

1× dsDNA HS Assay Kit 即用型dsDNA qubit定量试剂

12642ES

自动化耗材

250μL盒装滤芯透明无菌吸头

83130ES

0.2mL 96孔PCR板,白色,全裙边

83560ES

96孔深孔板,U底(1.3 mL)

83672ES

 

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