NGS因其检测灵敏度高,特异性强且兼具定性和定量检测,在病原检测、肿瘤突变检测、生殖遗传等领域展现了极为广阔的临床与科研应用前景。文库构建作为NGS测序的核心步骤,直接影响测序质量。基于IVD产品的注册审查指导原则,需要提供主要原材料的研究性资料,结合原材料基本信息、参数指标及供应来源等因素综合分析并验证,确定最适的原材料来源。常规DNA和RNA建库流程主要包含cDNA合成、DNA片段化、接头连接和文库扩增等关键步骤,各步骤包含的原料酶种类较多,原料酶筛选一定程度上拉长了研发周期。在此基础上,高性价比、简洁的建库模块产品成就IVD产品开发的新选择。
图1.DNA常规建库流程(左)和RNA建库流程(右),Illumina平台为例
高效cDNA合成模块
利器在手,事半功倍
逆转录合成是RNA-Seq的核心环节,高灵敏度、cDNA高产量、可兼容复杂结构模板等兼具多功能于一体的新型高效率逆转录酶是心之所向。翌圣ZymeEditor™酶改造平台通过对M-MLV进行定向改造获得了性能全方面提升的全能型逆转录产品,可兼具RNA-seq、单细胞测序、cDNA克隆和文库构建等多个应用场景。
图2.13488ES应用于RNA-seq性能
OnePot 系列DNA打断模块
新晋热门,将优化进行到底
受限于平台测序读长短的不足,建库前DNA需要进行随机打断。早期酶法片段化因打断均一性、偏好性问题让人望而却步,翌圣生物匠心研发,优化开发出两款特色片段化酶,37℃ 3-30 min作用的剧烈打断酶和30℃ 10-40 min的温和打断酶。基于随机打断的酶法片段化产品逐步改善短板,组合成满足不同样本、不同测序类型等众多需求的DNA片段化、末修和加A的模块产品。
图3. 不同DNA片段化酶作用于DNA的打断效果:剧烈打断酶(左)和温和打断酶(右)
T4 DNA高效连接模块
生物界的“502”
文库转化率是评估文库质量的重要指标,文库转化率高一定程度上意味着文库丰富度、测序数据均一性更好。常规T4 DNA 连接酶侧重优化高效率连接但易出现片段自连,从而降低文库转化率,影响文库丰富度与测序质量。翌圣ZymeEditor™酶改造平台对T4 DNA Ligase进行定向改造获得新型突变体,搭配精心优化的连接Buffer,开发出热稳定性高、片段自连率低的接头连接模块产品,大大提高文库转化率。
图4.12996ES热稳定性和接头残留分析
热启动高保真酶
专为NGS设计而生
NGS文库制备方法都需要用到PCR扩增酶,大多数高保真DNA聚合酶具有5'→3'聚合酶结活性和3'→5'外切酶的活性,可沿5'→3'方向合成DNA的同时纠正错误掺入的碱基,从而快速、高保真的扩增DNA片段。但很少有酶是专为NGS设计的,高效、准确、特异且能够无偏倚地扩增不同大小和GC含量的靶点,同时又具备可提前预混引物的文库扩增产品选择性并不多。翌圣生物开发出含有独特设计的超高保真DNA聚合酶及经过优化的热启动PCR预混液,其专门针对高效、高保真和低偏好的NGS文库扩增,应对复杂NGS文库扩增的挑战。
图5.12980ES稳定性和扩增错误率分析
除了以上一系列NGS建库模块产品外,我们还提供一站式的原酶产品,以满足不同客户的组合化需求。翌圣NGS建库原料产品经过严格的出厂质控标准,严格的批次性能和稳定性质控,让您建库无忧。
翌圣
NGS建库模块和单酶产品选择指南
产品类别 |
产品名称 |
货号 |
备注 |
高效cDNA合成 |
Hifair® Ultra Reverse Transcriptase(200 U/μL) |
逆转录单酶 |
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Hieff NGS® ds-cDNA Synthesis Kit |
cDNA合成模块 |
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DNA片段化/末修/加A |
Hieff® Smerase V2 |
13588ES |
DNA打断酶(剧烈型) |
Hieff® Smearase V3 |
12945ES |
DNA打断酶(温和型) |
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Hieff NGS® OnePot Pro DNA Fragmentation Reagent V3 |
12954ES |
DNA打断/末修/加A模块 |
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末修加A |
Hieff NGS® C175P2 Endprep Module |
12985ES |
末修加A模块 |
接头连接 |
Hieff® Versatile T4 DNA Ligase (600 U/µL) |
12996ES |
T4 DNA连接单酶 |
Hieff® Rapid Ligation Mix |
12999ES |
DNA连接模块 |
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文库扩增
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2× Ultima HF Amplification Mix |
高保真酶 |
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2× Hieff Canace® Pro Amplification Mix |
12980ES |
热启动文库扩增模快 |