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FFPE样本建库,你需要的修复试剂在这里


FFPE样本是什么?


做病理的小伙伴对FFPE样本肯定不陌生,FFPE(Formalin-Fixed and Parrffin Embedded)样本是福尔马林固定石蜡包埋的样本,固定包埋的方法能够使组织在常温保存很长时间。最早FFPE样本主要是用于病理形态学观察,近些年,随着精准医疗的渗透发展,FFPE样本在临床病理检验、肿瘤基因检测中也得到广泛使用

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1. FFPE样本

人们将FFPE样本中的核酸提取出来进行建库,然后利用高通量测序技术对FFPE样本的核酸进行测序和分析,就能得到病理和肿瘤相关的很多重要信息。加上FFPE样本方便保存的特点,不论在检验检测还是医学研究中都是一个好帮手。


FFPE样本建库的不完美


福尔马林固定石蜡包埋样本虽然使组织得以长期保存,但其特殊的制作方法和保存过程会对核酸分子造成多方面的影响:

福尔马林固定使核酸与蛋白发生交联,影响核酸提取质量;

石蜡高温渗入过程加速磷酸二脂键的水解,导致核酸降解;

福尔马林固定以及不理想的保存条件使胞嘧啶脱氨基引入C→T,G→A等突变;

固定和包埋增加核酸分子脆性,造成核酸高度片段化等。

这使得FFPE样本中的核酸质量往往很差,用FFPE样本建库测序就面临诸多挑战:文物产量低,文库质量差,突变检出率低......

怎么办,拿FFPE样本没法子了么?



FFPE DNA修复试剂


Hieff NGS® FFPE DNA Repair Reagent是针对FFPE样本而设计的修复试剂,可修复低质量FFPE样本不同程度的损伤,提高文库产量及测序质量。具体来说,能修复胞嘧啶脱氨成尿嘧啶、切刻与缺口、碱基氧化、3’端封闭等损伤类型。

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FFPE DNA修复试剂可搭配市面上通用的建库产品,完成FFPE样本的损伤修复;配合翌圣生物Hieff NGS® Ultima DNA Library Prep Kit(Cat#1219913310)建库试剂盒使用,只需要把修复试剂加到反应体系中就可以了,不需要额外的操作步骤,很方便呦。



DNA修复显著提高文库产量


图2是用翌圣UltimaTM DNA建库试剂盒(Cat#12199)建库,测试翌圣FFPE DNA Repair Reagent(Cat#12606)对建库产量的影响的数据。


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图2. FFPE修复试剂盒对建库产量的影响(Input DNA: 10 ng; Cycles:10)

从测试结果看,Hieff NGS® FFPE DNA修复试剂显著提高了文库产量,尤其对于低质量的FFPE DNA样本,产量提升了3倍!

如果你正为低质量的FFPE样本DNA建库而苦恼,不如试试FFPE DNA修复试剂吧。FFPE样本建库,你需要的修复试剂在这里:Hieff NGS® FFPE DNA Repair Reagent (Cat#12606)

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400-6111-883