翌圣OnePot系列是针对Illumina®测序平台定向研发的酶切法DNA建库试剂盒，采用高质量片段化酶，摆脱了繁琐的超声过程，同时简化了操作流程，极大的降低了建库的时间和成本。具有优秀的文库转化率与文库扩增效率。
随着NGS技术的高速发展，人们对于效率的要求越来越高，在消耗同等的时间和精力下，人们更愿意选择快速，高效的方法。
超声打断（机械法）是NGS建库中常用的DNA片段化方法之一，由于该方法过度依赖超声仪器和搭配的实验耗材，再加上耗时较长，被越来越多的客户所放弃。
翌圣OnePot系列酶切法DNA建库试剂盒，摆脱了繁琐的超声流程，操作简便化，针对不同样本(含FFPE)均可以获得高质量文库，是自动化平台建库的首选。
为什么选择OnePot代替机械法建库
一、 精简流程
合并建库方法，优化建库流程，手工操作低于0.5h，整体文库构建仅需2h，真正的高效建库。
二、 可控酶切
酶切产物片段大小只与酶切时间有关，简便可控，适用于个性化建库和自动化建库。
三、 兼容FFPE高效建库
1） 适用于不同程度降解的FFPE样本
对应上述样本建库详情
编号 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 |
Input DNA（ng） | 50 | 50 | 50 | 50 | 50 | 50 | 50 | 50 | 50 | 10 | 10 |
cycles | 8 | 8 | 8 | 8 | 8 | 8 | 8 | 8 | 8 | 10 | 10 |
酶切时间 （min） | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 10 |
浓度（ng/ul） 32ul洗脱 | 35.6 | 63.8 | 23.2 | 33.8 | 48.4 | 53.6 | 165.6 | 136.8 | 104 | 117.6 | 136 |
Total (μg) | 1.14 | 2.04 | 0.74 | 1.08 | 1.55 | 1.72 | 5.3 | 4.38 | 3.33 | 3.76 | 4.35 |
2）低质量FFPE样本，搭配修复试剂建库效果更佳
四、 适用范围广
适用于不同质量的痰液，腹水等微量建库样本
样本编号 | 642-痰液 | 640-痰液 | 666-腹水 | 637-腹水 | 642-痰液 | 640-痰液 | 666-腹水 | 637-腹水 |
浓度（ng/μl） | 16.3 | 53.0 | 24.6 | 8.16 | 16.3 | 53.0 | 24.6 | 8.16 |
Input DNA | 10 ng | 10 ng | 10 ng | 10 ng | 10 ng | 10 ng | 10 ng | 10 ng |
酶切时间（min） | 13 | 10 | ||||||
Cycles | 9 | 9 | 9 | 9 | 9 | 9 | 9 | 9 |
产量（μg） | 2.58 | 1.32 | 2.44 | 1.39 | 2.21 | 0.91 | 2.26 | 1.21 |
五、 精准的数据检出率
1） 标准品Horizon@HD753的检出率与实际基本无差别
Variant Type | Chromosome Number | Gene | Variant | Expected Allelic Frequency, % | Chr | position | nt D | 102panel 1:2 |
SNV High GC | chr.19 | GNA11 | Q209L | 5.6 | 19 | 3118942 | A>T | 6.13% |
SNV High GC | chr.14 | AKT1 | E17K | 5 | 14 | 105246551 | G>A | 4.78% |
SNV Low GC | chr.3 | PIK3CA | E545K | 5.6 | 3 | 178936091 | G>A | 5.23% |
Long Insertion | chr.7 | EGFR | V769_D770insASV | 5.6 | 7 | Exon 20 insertion | GG>GGCCAGCGTGG | 4.54% |
Long Deletion | chr.7 | EGFR | ΔE746 - A750 | 5.3 | 7 | 55242465-55242479 | AGGAATTAAGAGAAGC>A | 3.52% |
Fusion | chr.4:chr.6 | ROS1 | SLC34A2/ROS1 fusion | 5.6 | 4-6 | fusing exon 2 of SLC34A2 to exon 32 or 34 of ROS1 | CTGGXTCTGGAGATCTGGCTGGAGTCCCAAATAA, CTGGXTCTGGAGATCTGG ATGATTTTTGGATACCA | 3.58% |
Fusion | chr.10 | RET | CCDC6/RET fusion | 5 | 10-10 | CCDC6 (EXON1) /RET (EXON12) | TGCGCAAAGCCAGCGTTACCATCGAGGATCCAAAGTGGGAATTC | 5.86% |
CNV | chr.7 | MET | amplification | 4.5 copies | 7 | 116312459-116340338 | 4.4 | |
CNV | chr.2 | MYC-N | amplification | 9.5 copies | 2 | 16080560-16087129 | ||
期望值 | 实际检测值 |
2）FFPE DNA标准品（Horizon HD200）
捕获建库，IGT 944K cancer panel T074V1
OnePot检测到突变率的准确性与Enzymatics相当（*红色标注为更接近预期突变）
clean | all_map_reads | map ratio(%) | Target effective reads | reads capture rate (%) | Dup(%) | Coverage (%) | 20%X depth cov(%) | |
OnePot (with MaxUp II amplification mix) | 17716013 | 17674611 | 99.7663018 | 15721075 | 88.94721926 | 31.8432 | 99.9895144 | 99.48491028 |
Enzymatics (with KAPA HiFi Readymix) | 13805070 | 13775426 | 99.7852673 | 8147070 | 59.14205484 | 25.9288 | 99.9739449 | 99.68490276 |
Chromosome | Gene | Variant | Expected Allelic Frequency, % | Original base | Mutant base | Frequency/OnePot,% | Frequency/Enzymatics,% |
7q34 | BRAF | V600E | 10.70% | A | T | 11.7180617 | 10.0371747 |
4q11-q12 | cKIT | D816V | 10.00% | A | T | 9.798995 | 25.2446184 |
7p12 | EGFR | ΔE746 - A750 | 1.90% | GGAATTAAGAGAAGC | - | 0.9146341 | 1.1053541 |
7p12 | EGFR | L858R | 2.80% | T | G | 3.2357907 | 3.6181678 |
7p12 | EGFR | T790M | 0.90% | C | T | 1.0137989 | 1.6100179 |
7p12 | EGFR | G719S | 24.50% | G | A | 21.8106996 | 21.4709913 |
12p12.1 | KRAS | G13D | 15.00% | C | T | 11.6261398 | 10.6679035 |
12p12.1 | KRAS | G12D | 6.30% | C | T | 3.245283 | 4.0613718 |
1p13.2 | NRAS | Q61K | 12.50% | G | T | 10.7090465 | 12.1263395 |
3q26.3 | PI3KCA | H1047R | 17.50% | A | G | 14.9758454 | 15.7051282 |
3q26.3 | PI3KCA | E545K | 8.80% | G | A | 9.798995 | 15.6359393 |
市场使用反馈
一、 上海某生物公司X*
实验样本：不同质量的FFPE样本
样本数目：4（两个质量较好，两个质量较差）
实验结论：针对客户提供的2个质量较好样本（样本3/4），建库产量可远高于其预期值，对于质量较差样本（样本1/2）,使用12606（H5901150）FFPE样本修复试剂可明显改善其产量，产量均可达客户需求。建议客户针对质量较差FFPE样本使用我公司12606产品进行修复后再行建库以获得更高产量。
Chromosome | Gene | Variant | Expected Allelic Frequency, % | Original base | Mutant base | Frequency/OnePot,% | Frequency/Enzymatics,% |
7q34 | BRAF | V600E | 10.70% | A | T | 11.7180617 | 10.0371747 |
4q11-q12 | cKIT | D816V | 10.00% | A | T | 9.798995 | 25.2446184 |
7p12 | EGFR | ΔE746 - A750 | 1.90% | GGAATTAAGAGAAGC | - | 0.9146341 | 1.1053541 |
7p12 | EGFR | L858R | 2.80% | T | G | 3.2357907 | 3.6181678 |
7p12 | EGFR | T790M | 0.90% | C | T | 1.0137989 | 1.6100179 |
7p12 | EGFR | G719S | 24.50% | G | A | 21.8106996 | 21.4709913 |
12p12.1 | KRAS | G13D | 15.00% | C | T | 11.6261398 | 10.6679035 |
12p12.1 | KRAS | G12D | 6.30% | C | T | 3.245283 | 4.0613718 |
1p13.2 | NRAS | Q61K | 12.50% | G | T | 10.7090465 | 12.1263395 |
3q26.3 | PI3KCA | H1047R | 17.50% | A | G | 14.9758454 | 15.7051282 |
3q26.3 | PI3KCA | E545K | 8.80% | G | A | 9.798995 | 15.6359393 |
二、 上海某生物公司H*
实验样本：人gDNA
样本数目：1（不同Input以及不同酶切时间）
实验结论：1）Input DNA 500 ng/700 ng，PCR 5cycles，未文库产量 3μg左右 （酶切 12 min，文库主峰 300-600 bp；酶切 15min，文库主峰在 300-400 bp）
2）0.78×/ 0.2×双轮分选，文库产量 1 μg左右 （主峰 300 bp，文库范围 250-450 bp），可满足客户实验需求。
实验参数 | 1 | 2 | 3 | 4 |
Input DNA | 500 ng | 500 ng | 700 ng | 700 ng |
酶切时间 | 12 min | 15 min | 12 min | 15 min |
Cycles | 5 | 5 | 5 | 5 |
文库产量(μg) | 3.06 | 3.06 | 2.98 | 3.36 |
3.12 | 2.91 | 3 | 3 | |
分选后产量(μg) | 0.88 | 0.9 | 0.99 | 0.96 |
0.97 | 1.1 | 1.00 | 1.11 |
订购详情
建库试剂盒 | 产品编号 | 规格 |
Hieff NGS® Ultima Dual-mode mRNA Library Prep Kit for Illumina® | 12301ES24/96/98 | 24/96/1000 T |
12199ES24/96 | 24/96 T | |
12201ES24/96 | 24/96 T | |
12203ES24/96 | 24/96 T | |
12204ES24/96 | 24/96 T | |
12205ES24/96 | 24/96 T | |
12206ES24/96 | 24/96 T | |
文库构建磁珠 | 产品编号 | 规格 |
12599ES08/56 | 5/60 mL | |
12600ES08/56 | 5/60 mL | |
Hieff NGS® DNA Selection Beads（Superior AMPure XP alternative） | 12601ES08/56 | 5/60 mL |
12602ES08/56 | 5/60 mL | |
12603ES24/96 | 24/96 T | |
建库接头 | 产品编号 | 规格 |
Hieff NGS® 96 Single Index Primer Kit for Illumina®, Set 1/2 | 12611/12612ES02 | 48×2 T |
12412/12413ES02 | 96×2 T | |
12414/12415ES02 | 96×2 T | |
12615/12616ES04/16 | 12×4/12×16 T | |
12617/12618ES04/16 | 12×4/12×16 T | |
12610ES96 | 96 T | |
建库模块 | 产品编号 | 规格 |
12608ES24/96 | 24/96 T | |
12620ES24/96 | 24/96 T | |
2×Super Canace®Ⅱ High-Fidelity Mix for Library Amplification | 12621ES03/08 | 24/96 T |
Hieff NGS® Dual-Mode cDNA Synthesis Kit | 12250ES24/96 | 24/96 T |
文库定量 | 产品编号 | 规格 |
Hieff NGS® Library Quantification Kit for Illumina®, qPCR Master Mix | 12302ES05 | 500 T |
Hieff NGS® Library Quantification Kit for Illumina®, DNA Standard (1-6) | 12307ES09 | 6×96 μL |
12640ES60/76 | 100/500 T | |
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