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T4 DNA连接酶(T4 DNA ligase),生物界的“502”

T4 DNA连接酶(T4Lig)在分子克隆和高通量测序文库构建中有着不可或缺的作用,目前市场上存在有多种类型的该产品,追本溯源这些产品对应的本质相同,那么对应本质到底是什么呢?

        

背景须知

DNA 连接酶是一种能够催化相邻DNA 的3’-OH 和5’- 磷酸基末段形成磷酸二酯键,并且把两段DNA 拼接起来的核酸酶。T4Lig是目前应用比较多的病毒基因组编码的DNA 连接酶,主要从缺失型嗜菌体中提取,噬菌体T4 的30 基因是该酶的合成基因。

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图1.DNA连接酶模拟结构图

 

结构了解

数据库中(UniProtKB登录号:P00970)显示出DNA连接酶有三个保守性结构域:DNA 结合结构域DBDDNA-binding domainM1~ L129),腺苷酰化结构域AdDadenylaition domainI130~E368),寡核苷酸链结合结构域OBoligonucleotide-binding-foldV369~E482)。

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图2、T4lig 模拟结构,R164、R182、R359、K365 是ATP 结合位点,E217、E344 二价金属离子结合位点

 

作用机制

A 连接反应机理是基于切口双链DNA 底物得到的。连接反应由三步完成:

①T4 DNA ligase先由ATP供能产生E-AMP复合物;

②E-AMP复合物识别双链DNA切口位置,将AMP转移到5’-P基团,形成5’-P -AMP 复合物;

③3’-OH 亲核攻击5’-P-AMP 形成磷酸二酯键,并释放出AMP.

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图3、T4 DNA连接酶作用原理图

 

连接方法和主要应用

利用目前已知的T4Lig的连接特点,在具体的基因工程操作中,科研人员对DNA片段的连接方法分为以下三种:

1连接dsDNA的粘性末端:用限制性核酸内切酶酶切,形成具有黏性末端的DNA 片段,利用DNA 连接酶直接连接

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应用:载体构建,大分子条带的连接

(2)连接平末端:对于平末端的DNA 片段的连接常利用T4 DNA 连接酶连接

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应用:高保真扩增后的平末端条带的连接、平末端载体构建

(3)连接人为合成粘性末端:在DNA 片段末端加上poly(dA)-poly(dT)尾,或化学合成的衔接物或接头,使之形成黏性末端之后,再用DNA 连接酶将它们连接起来

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应用:NGS文库构建中接头的连接

这三种方法的原理基本一样,都是利用DNA 连接酶形成磷酸二酯键来封闭DNA 片段之间的间隙。

 

整理小结

T4lig最早从T4嗜菌体感染的E. coli 提取后来发现DNA复制缺失型嗜菌体中连接酶产量更高,作为连接酶的主要来源。人们发现T4的合成基因,了解作用机理,并逐步推广应用,目前市场供应连接酶主要通过基因工程方法生产,不同公司在此基础上经过不同基因位点的改造和筛选,使之对应的T4 DNA酶效不断提高。

 

 

上海翌圣成立于2009年,专注于分子酶的生产和改造,是一家拥有多重酶改造技术的高新技术企业;不仅生产高质量的普通T4 DNA ligase,同时利用定向改造技术,将T4 DNA ligase的有效催化活性结构域通过多轮突变筛选,得到一种连接活性更强的突变型T4 DNA ligase。

普通T4 DNA ligase可满足日常的大部分实验,具体极高的性价比。Fast T4 DNA ligase具有高效的连接能力,非常适合复杂结构核酸片段的连接,如进行FFPE和cfDNA文库的构建、华大测序平台接头的连接等。


 

订购信息

产品名称

货号

规格

Hieff® Gold T4 DNA Ligase (5 U/µL)

10300ES80/97

1000/ 50000U

Hieff® Quick T4 DNA Ligase (400 U/µL)

10301ES40

40000U

Hieff® Fast T4 DNA ligase (400 U/µL)

10299ES40

40000U

Hieff NGS® Ultima DNA Ligation Module

12604ES24/96

24/96T

Hieff NGS® Fast-Pace DNA Ligation Module

12607ES24/96

24/96T

 

参考文献:

1. Lohman G J S , Chen L , Evans T C . Kinetic Characterization of Single Strand Break Ligation in Duplex DNA by T4 DNA Ligase[J]. Journal of Biological Chemistry, 2011, 286(51):44187-44196.

2. Martin I V , Macneill S A . ATP-dependent DNA ligases[J]. Genome Biology, 2002, 3(4):reviews3005(1-7).

3. Rossi, R. Functional characterization of the T4 DNA ligase: a new insight into the mechanism of action[J]. Nucleic Acids Research, 1997, 25(11):2106-2113.

4. 徐广志. DNA连接酶的种类和作用机制[J]. 生物化工, 2018, 4(05):128-130.

5. 贺添艳, 刘亚娟, 徐文选, et al. T4 DNA连接酶性质及其平端连接功能[J]. 河南科学, 2016, 34(7):1058-1062.

 

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