在上一期中，小翌阐述了RNA提取过程需注意的关键要点以帮助大家提取到高质量的RNA（《一文解锁RT-qPCR实验之RNA提取攻略》）。那提取完RNA的质量到底如何评估呢？今天我给大家来分享一下。评估RNA的质量主要包含三个方面，分别是RNA的浓度、纯度和完整性。

首先我们先来复习一下OD260、OD280、OD230的含义。核酸分子所含的嘌呤和嘧啶碱基具有共轭双键，在260nm波长处有最大吸收峰，因此，核酸的最大吸收波长为260nm，但它无法区分出DNA、RNA、降解核酸、游离核苷酸等杂质；蛋白质分子中常含有酪氨酸、色氨酸、苯丙氨酸等苯环结构，通常在280nm处有最大吸收峰；而碳水化合物，多肽，苯酚、EDTA等污染物的最大吸收峰则在230nm处，如图1。

 图1. 核酸、蛋白质、污染物的最大吸收峰（图源网络）

对于RNA的浓度来说，根据朗伯-比尔定律可计算出在波长260nm的紫外线下，1个OD值的光密度大约相当于40µg/ml的RNA^[1]，即RNA的浓度（µg/µl）= OD260×40×稀释倍数/1000。比如OD260为0.16，2µl样本稀释至200µl，即稀释倍数为100，RNA的浓度（µg/µl）= 0.16×40×100/1000µg/µl=0.64µg/µl。

 

由图2可看出，若泳道上部有明显的高分子量杂带，则可能是有DNA的残留，不建议用于后续的qPCR实验，会对实验的准确性造成影响（图2左）；若在胶孔处有比较亮的着色成分，则是有蛋白质的残留（图2右）。

除了浓度、纯度外，RNA完整性也是判断RNA质量的重要指标。RNA完整性一般可通过琼脂糖凝胶电泳来进行评估。总RNA中占比达80%以上的是核糖体RNA（rRNA），因此，胶图呈现的结果主要是rRNA。

对于真核生物来说，高质量的RNA通常有三条带，最亮的是28S，其次是18S，最淡的是5S。28S条带亮度应为18S条带亮度的2倍(图3左)，若RNA呈现弥散状，表明RNA已降解（图3右）。

小翌在与小伙伴交流的过程中发现，很多实验室没有跑RNA琼脂糖凝胶电泳的习惯，也不清楚RNA的电泳需注意哪些要点，小翌在此做些科普：

【1】Freifelder, D., Physical Biochemistry: Applications to Biochemistry & Molecular Biology, W.H. Freeman and Company, CA, 1982, p. 494-536.