近年,高通量测序技术不断发展,已经成为生命科学研究以及临床诊断中不可或缺的研究手段和诊断标准。随之而来的是样本量的不断增加的问题,这给高通量测序建库带来更大挑战,更高效、更稳定、更便捷成为高通量测序建库的新要求。在每天需要操作上百个样本建库的场景,自动化建库成为了更优的选择。自动化建库可以解放双手,减少不同实验员操作引入的误差。
翌圣生物为提升广大高通量测序使用者的体验,一直积极在高通量测序技术领域深耕发展。本次翌圣生物联合华大智造为大家带来高效稳定便捷的自动化建库体验。
翌圣生物主打的NGS文库构建产品均进行了自动化适配,在保证稳定性与高产量的同时,拥抱自动化设备带来的高效与便捷。第一弹是介绍翌圣生物RNA建库试剂盒与MGISP-960高通量自动化样本制备系统的自动化适配方案。
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在自动化建库的整个流程中,前期的试剂准备仍然需要人工参与,耗时较长且易出错。为了解决这个问题,翌圣生物推出了预混版RNA建库试剂盒Hieff NGS® Ultima Dual-mode RNA Library Prep Kit (Premixed version) (Cat#12310ES)。
图1. 非预混版RNA建库试剂盒(Cat#12308ES)与预混版RNA建库试剂盒(Cat#12310ES)的试剂组成对比
原来所需的6种试剂在预混版中精简为3种,在保证试剂效果与稳定性的情况下,省略了前期试剂准备需要的步骤,也减少了需要自动化建库设备分装混匀的步骤,使流程所需的时间减少,同时也降低了混匀不均的风险。
02
我们对预混版RNA建库试剂盒(Cat#12310)进行了MGISP-960高通量自动化样本制备系统自动化建库的测试;前期mRNA捕获使用的是Hieff NGS® mRNA Isolation Master Kit (Cat#12603ES),磁珠纯化与分选使用的是Hieff NGS® DNA Selection Beads (Cat#12601ES)。
01 产量展示
在MGISP-960平台上使用翌圣生物RNA建库试剂盒(Cat#12310)对Illumina和MGI测序平台文库进行建库,文库产量可满足后续测序需求。
Illumina平台建库
MGI平台建库
图2,3. MGISP-960自动化平台构建lllumina和MGI测序平台文库与手工建库比较的产出表现
02 文库峰型与大小
在MGISP-960平台上使用翌圣生物RNA建库试剂盒(Cat#12310)对Illumina和MGI测序平台文库进行建库,文库片段集中,峰型一致,大小相近。
Illumina平台
MGI平台
图4,5. MGISP-960平台自动化构建Illumina和MGI测序平台文库峰型展示
03 测序结果
在MGISP-960平台上使用翌圣生物RNA建库试剂盒(Cat#12310)对Illumina和MGI测序平台文库进行建库,在测序结果中表现基本一致。
1.在双平台测序结果中,自动化文库与手动文库基因覆盖度基本一致,保持了较高水平。
Illumina平台
MGI平台
图6,7. MGISP-960平台自动化构建Illumina和MGI测序平台文库与手动建库文库基因覆盖度比较
2.在双平台测序结果中,自动化文库与手动文库测序结果有较强的一致性。
Illumina平台
MGI平台
图8,9. MGISP-960平台自动化构建Illumina和MGI测序平台文库与手动建库文库测序结果相关性展示
3.在双平台测序结果中,自动化文库与手动文库结果中rRNA占比均小于1%,都有很高的mRNA捕获效率;Antisense均大于98%,展现了较好的链特异性。
表1. MGISP-960平台自动化构建Illumina测序平台文库与手动建库文库测序结果部分指标展示
表2. MGISP-960平台自动化构建MGI测序平台文库与手动构建文库测序结果部分指标展示
04 操作时长
使用MGISP-960平台进行自动化建库可以显著减少建库中需要人工操作的时间,同时整个流程的时间也大大缩短。
图10. MGISP-960平台自动化建库与手动建库所需时间比较
结果显示,翌圣生物RNA建库试剂盒与华大智造MGISP-960平台完美适配,在节约时间以及人工成本的同时带来稳定的建库体验。
03
产品名称 | 产品货号 | 产品规格 | 备注 |
Hieff NGS® Ultima Dual-mode RNA Library Prep Kit(Premixed version) | 12310ES96 | 96T | 预混版RNA建库试剂盒,适配自动化建库 |
Hieff NGS® mRNA Isolation Master Kit mRNA纯化试剂盒 | 12603ES96 | 96T | 完美适配自动化流程 |
Hieff NGS® DNA Selection Beads 分选磁珠 | 12601ES08/56/75 | 5mL/60mL/450mL | |
Hieff NGS® Stubby UDI Primer Kit for Illumina®,Set1/Set2/Set3/Set4 | 12312/3/4/5ES02 | 96×2T | Illumina平台预装板式短接头 |
Hieff NGS® Unique Dual Barcode PrimerKit for MGI® |
13536/7/8/9ES02/04 | 96×2T/4T | MGI平台预装板式短接头 |
04
翌圣生物携手华大智造联合推出翌圣-MGI联合品牌MGISP-960高通量自动化样本制备系统。
华大智造MGISP-960高通量自动化建库平台可同时对96例样本进行自动化建库,完美适用于高通量、交付型实验室,在大幅度解放实验室人力的同时,减少人工操作对实验造成的影响,提高文库制备稳定性。