依托核酸特异性识别，突破培养法瓶颈，实现痕量、难培养微生物精准定性定量，是当前实验室主流精准检测手段，包含 PCR 系列、荧光原位杂交（FISH）、基因芯片。

2.2.1 PCR 及其衍生技术

1）普通 PCR：针对 16S rRNA、氨氧化酶（amoA）、重金属抗性基因设计特异性引物，扩增目标核酸片段，定性判断功能菌、抗性菌、致病菌是否存在，多用于化工、制药废水 ARGs 初筛。

2）实时荧光定量 qPCR：扩增同步收集荧光信号，实现基因绝对 / 相对定量，可监测硝化菌丰度变化、水体沙门氏菌、噬菌体标记物，污水水样检测灵敏度可达 86% 以上，广泛用于医院、化工废水耐药基因动态监测；缺陷是高盐、高有机物工业废水存在核酸抑制物，易产生假阴性。

3）数字 PCR（dPCR）：将样品微滴分割独立扩增，无需标准曲线直接绝对定量，对痕量抗性基因、低丰度致病菌检测精度比 qPCR 提升一个数量级，适合尾水、地下水微量工业污染溯源检测。

2.2.2 荧光原位杂交（FISH）

荧光标记寡核苷酸探针直接与水样微生物细胞内核酸结合，显微镜下可视化定位目标菌群，可直观观察活性污泥中硝化菌、厌氧氨氧化菌空间分布，结合流式细胞仪实现分选定量。优势不依赖核酸提取，保留微生物原位空间信息；缺点单次只能检测有限菌种，复杂混合废水多重检测成本高，常与 qPCR 联用互补。

2.2.3 基因芯片技术

高通量固定多条特异性探针，单次同步检测几十至上百种功能菌、抗性基因，适用于工业园区综合废水多靶点筛查，大幅缩短多重靶标检测周期，但探针设计难度高，工业废水杂质易造成杂交干扰，多用于规模化实验室批量样品分析。

面向现场在线、应急毒性筛查场景，分为全细胞生物传感器、微生物燃料电池（MFC）电化学传感器方法， 微生物传感依托微生物受毒物胁迫产生信号变化实现毒性检测：发光细菌通过发光抑制率测急性毒性；微生物燃料电池（MFC） 利用电活性微生物电流波动预警；基因工程菌受特定污染物诱导产生荧光 / 显色信号，均可现场快速判定工业废水毒性

16S 扩增子、宏基因组、宏转录组是解析工业废水完整微生物群落的核心手段，突破单一菌种检测局限，完整刻画群落组成、功能基因、代谢通路，是近年研究热点。

2.4.1 16S rRNA 扩增子测序

提取废水总 eDNA，扩增细菌 16S rRNA V3-V4 可变区高通量测序，注释门、纲、属水平群落结构，可对比进水、活性污泥、出水菌群差异，识别石油降解菌、耐重金属优势菌。如炼油废水测序显示变形菌门、拟杆菌门为优势菌群；铅锌尾矿废水富集阿菲波菌、慢生根瘤菌等耐金属菌株，配套 PICRUSt2 可预测氮、碳代谢功能基因丰度，解释污泥膨胀、脱氮效率下降微生物机制。三代长读长 PacBio、纳米孔测序解决短读长物种注释模糊问题，适合高复杂工业园区混合废水样品。

2.4.2 宏基因组与宏转录组测序

宏基因组直接测定全部微生物基因组，挖掘未知降解基因、抗性基因，构建污染物降解代谢通路；宏转录组捕捉活体微生物实时表达基因，区分休眠菌与活性菌群，消除胞外游离 DNA 干扰，精准反映废水胁迫下微生物真实代谢响应。二者结合可解析制药废水多重抗生素协同诱导抗性基因增殖机理，为尾水抗性风险管控提供分子依据，但测序与生物信息分析成本较高，暂未普及常规监测，多用于科研与重大污染溯源项目。

CRISPR 基因编辑辅助检测可用于改造工程传感菌株：利用基因编辑优化细菌识别基因，提升菌株对重金属、酚类污染物的特异性与检测灵敏度；

CRISPR 核酸快速检测：结合等温扩增技术识别水体病毒、抗生素抗性基因，无需大型测序设备，基层厂区、监测站可现场快速筛查。

额外应用：定向编辑高效降解工程菌投入废水修复，通过监测水体改造菌丰度，同步完成水质检测与修复效果评价，多用于石油、重金属污染废水治理项目。

表 工业废水检测微生物检测方法

工业废水微生物检测应突破传统理化监测局限性，形成从简易现场筛查、实验室精准定量到群落全景解析的完整技术链条。传统培养与显微技术适用于日常运维质控，PCR、FISH 满足靶向微生物定量，微生物传感器实现快速毒性预警，高通量多组学技术深度解析群落与功能响应，基因编辑与多技术联用持续拓展检测边界。未来依托合成生物学、人工智能、测序国产化技术革新，完善行业标准与配套产业链，微生物检测将成为工业水污染治理、生态风险防控不可或缺的核心技术手段，助力水环境精准、智能化管控。