肿瘤样本是检测基因突变的载体，世界肿瘤发病率居高不下，而医院的低温储存设备捉襟见肘，福尔马林浸泡，石蜡包埋的样本（FFPE）能在常温长时间储存，更受广大临床医生欢迎。据统计，世界各地医院积攒了约4亿FFPE样本，但是福尔马林的固定、石蜡高温浸入、较长保存时间都会导致DNA的交联和不同程度降解，如何从这些海量样本中提取高质量DNA，然后建库测序并分析成为了棘手问题。翌圣生物深耕生命科学领域多年，基于自身深厚的工具酶技术和经验积累，为FFPE DNA的NGS检测提供完整解决方案。

图1. FFPE DNA实验、分析

FFPE DNA提取需经历脱蜡、酶消化、DNA提取共3个步骤。经过潜心优化和精心打磨，翌圣重磅推出FFPE DNA提取试剂盒——MolPure^® Magnetic FFPE DNA Kit（鄂汉械备20210919号）。在FFPE脱蜡步骤中，目前市场上常用的脱蜡方式是二甲苯，其强烈刺激性气味，强烈刺激人体食道和胃，并引起呕吐，本试剂盒采用无毒脱蜡液取代二甲苯脱蜡功效，为实验人员健康保驾护航；在酶消化步骤中，翌圣采用精心优化提取体系，确保蛋白酶K能充分消化蛋白和相应核酸酶，保证DNA最大程度释放和不被核酸酶消化，这一点直接体现在最终DNA产量上面。结果显示，翌圣提取总量高。

图2. 各试剂盒提取FFPE DNA结果

 1   酶切法建库

图3. 文库产出（50ng FFPE DNA）

 

图4.文库测序下机结果

 2   建库接头

图5. UDI识别index hopping的原理

 3   DNA磁珠

磁珠纯化是建库关键环节之一，Hieff NGS^® DNA Selection Beads基于SPRI (Solid Phase Reverse Immobilization)原理，通过精心优化过的缓冲体系，可用于DNA文库片段分选、纯化，和目前广泛使用的AMPure XP Beads使用方式相同，片段回收效率和文库大小分布均高度吻合，因此可无缝替代AMPure XP Beads，有效降低建库成本。

表1.不同品牌磁珠在不同比例下回收效率比较

【注】：DNA Marker中含loading等物质，影响核酸定量，因而初始的Input定量结果偏低，所以表中出现回收效率略高于100%。

 4   文库定量

图6.Qubit定量稳定性与精确性对比