Hieff NGS® EvoMax RNA Library Prep Kit(dNTP)是兼容Illumina和MGI双平台的Total RNA测序文库构建试剂盒,本产品有常规管式和预装板两种规格,预装板建库试剂盒无需手动配制或分装,可直接适配自动化上机建库,使用更为便捷。试剂盒包含RNA片段化试剂,反转录试剂,ds-cDNA合成试剂,以及文库扩增试剂。可以衔接mRNA纯化试剂盒或rRNA去除试剂盒构建测序文库。所有试剂都经过严格的质量控制和功能验证,最大程度上保证了文库构建的稳定性和重复性。
货号 |
12341ES24/12341ES96/12341ES97/12341ES98 |
规格 |
24 T/96 T/96 T(自动化)/96 T(板式) |
产品组分 |
组分名称 |
12341ES24 |
12341ES96 |
12341ES97 (管式自动化96T) |
12341ES98 (板式自动化96T) |
12341-A |
Frag/Prime Buffer |
450 μL |
2×900 μL |
2×1064 μL |
8×266 μL |
12341-B |
1st Reaction Module 2.0 |
192 μL |
768 μL |
960 μL |
8×120 μL |
12341-C |
2nd Reaction Module(dNTP) |
840 μL |
3×1120 μL |
3×1280 μL |
8×480 μL |
12341-D |
Ligation Reaction Module |
840 μL |
3×1120 μL |
3×1280 μL |
8×480 μL |
12341-E |
2×Super Canace® II High-Fidelity Mix |
600 μL |
2×1200 μL |
2×1360 μL |
8×340 μL |
* |
Primer Mix* |
/ |
/ |
/ |
/ |
注:* 标注表示该成分不包含在本试剂盒,若建库时,搭配短接头,无需该组分;若建库时搭配完整长接头,则需要额外配置,本试剂盒组分兼容Illumina和MGI双平台,但需要额外配置专属于Illumina®或者MGI®的primer mix(Cat# 13334 Primer Mix for MGI®以及Cat# 13335 Primer Mix for Illumina®)。
** 板式自动化试剂组分排版情况见下图。
图:板式建库试剂盒试剂组分排版图
-25~-15℃保存,有效期1年。
1.关于操作
1)为了您的安全和健康,请穿实验服并戴一次性手套操作。
2)请于使用前将试剂盒各组分置于室温解冻。解冻后上下颠倒数次充分混匀,短暂离心后置于冰上待用。
3)推荐在带热盖的PCR仪中进行各步骤反应,使用前应预热PCR仪至反应温度附近。
4)请使用无RNase污染的耗材,并对实验区域定期进行清理,推荐使用ThermoFisher公司的RNAZapTM高效核酸去除喷雾去除RNA酶污染。
5)PCR产物因操作不当极容易产生气溶胶污染,进而影响实验结果准确性。推荐将PCR反应体系配制区和PCR产物纯化检测区进行强制性的物理隔离;配备文库构建专用移液器等设备;定时对各实验区域进行清洁(推荐使用ThermoFisher公司的DNAZapTM高效核酸去除喷雾),以保证实验环境的洁净度。
6)若搭配移液工作站进行自动化建库,可咨询翌圣自动化建库流程。
7)板式试剂盒每孔试剂推荐开封后一次性使用。
8)本产品仅作科研用途!
2.关于接头连接 (Adapter Ligation)
1)本公司可提供Illumina®或者MGI®长接头(Barcoded Adapter)试剂盒和短接头试剂盒,客户可根据实验需求进行选择。
2)我们建议选用高质量的商业化接头。如客户使用自制接头,请委托具有NGS引物合成经验的公司,并备注需进行严格的防污染控制。此外,进行接头退火操作时,请在超净台完成。每次只操作一种接头,防止交叉污染。
3)使用接头时,请提前将接头取出放在4℃或冰盒上解冻;在室温操作时,实验室温度最好不要超过25℃,防止接头解链。
4)建库过程中,接头浓度过高或过低都会导致建库成功率变低。本试剂板操作方案中,所加入的接头体积固定为5 μL,请根据初始的RNA投入量,参考表1对接头进行稀释。接头稀释液请选择0.1×TE buffer,稀释过的接头可在4℃保存48小时。
表1-1 Input Total RNA量与Illumina®接头使用浓度推荐表*
Input Total RNA |
Illumina® Adapter stock concentration |
10 ng |
1 μM |
100 ng |
1.5 μM |
500 ng |
3 μM |
≥1 μg |
5 μM |
表1-2 Input Total RNA量与MGI®接头使用浓度推荐表*
Input Total RNA |
MGI® Adapter stock concentration |
10~99 ng |
1 μM |
100~499 ng |
2 μM |
500~4000 ng |
5 μM |
*可根据不同类型total RNA样本及投入量,按需求适当调整Adapter使用量
3.关于文库扩增 (Library Amplification)
1)本试剂盒中的文库扩增组分由本公司第二代高保真DNA聚合酶所组成,在第一代的基础上,大大增强了扩增的均一性,即使是低拷贝的基因,也能进行无偏好性地扩增。
2)文库扩增步骤需要严格控制扩增循环数。循环数不足,将导致文库产量低;循环数过多,又将导致文库偏好性增加、重复度增加、嵌合产物增加、扩增突变积累等多种不良后果。表2列举了使用本试剂盒进行文库扩增,Input Total RNA 量与相应扩增循环数的推荐。
3)表2中推荐的循环数可满足绝大多数建库需求,若您的样本质量较差(如降解严重的FFPE样本),可根据实际情况适当增加循环数。mRNA建库时请特别注意,由于不同物种和组织所提取的 Total RNA中,mRNA的含量差异较大,实验中需根据建库起始量、物种类型及样本处理情况适当调整扩增循环数。
表2 Input Total RNA 量与扩增循环数推荐表*
Input Total RNA |
Number of cycles |
10 ng |
16 |
100 ng |
14 |
500 ng |
11 |
1 μg |
10 |
【注】:*由于文库产量不仅与投入量和扩增循环数相关,样本质量、片段化条件、分选条件等都会影响产量。建库过程中请根据实际情况综合考虑,选择最合适的建库条件。
4.DNA磁珠纯化与分选 (Bead-based Clean Up and Size Selection)
1)建库过程中有多个步骤需要使用DNA纯化磁珠,我们推荐使用Hieff NGS® DNA Selection Beads (Yeasen Cat#12601)或AMPure® XP磁珠(Beckman Cat#A63880)进行DNA纯化和分选。
2)磁珠使用前应先平衡至室温,否则会导致得率下降、分选效果不佳。
3)磁珠每次使用前都应充分振荡混匀或使用移液器上下吹打充分混匀。
4)转移上清时,请勿吸取磁珠,即使微量残留都将影响后续文库质量。
5)磁珠洗涤使用的80%乙醇应现用现配,否则将影响回收效率。
6)产物洗脱前应将磁珠置于室温干燥。干燥不充分容易造成无水乙醇残留影响后续反应;过分干燥又会导致磁珠开裂进而降低纯化得率。通常情况下,室温干燥3-5 min足以让磁珠充分干燥。
7)DNA纯化或长度分选产物如需保存,可使用0.1×TE Buffer洗脱,产物于4℃可保存2天,-20℃可保存1个月。
5.关于文库质检 (Library Quality Analysis)
1)通常情况下,构建好的文库可通过长度分布检测和浓度检测来进行质量评价。
2)文库浓度检测可使用:基于双链DNA荧光染料的方法,如Qubit®、PicoGreen®等;基于qPCR绝对定量的方法。
3)推荐使用qPCR方法进行文库浓度检测:Qubit®等基于双链DNA荧光染料的浓度测定方法时,无法有效区分单端连接Adapter的产物、两端均未连接Adapter的产物及其他不完整双链结构产物;qPCR绝对定量基于PCR扩增原理,仅定量样品中两端Adapter完整的文库(即可测序的文库),可排除单端或双端都不连接Adapter的不可测序文库的干扰。
4)文库浓度检测不可使用:基于光谱检测的方法,如NanoDrop®等。
5)文库长度分布检测,可通过Agilent Bioanalyzer 2100等基于毛细管电泳或微控流原理的设备进行检测。
6.自备材料 (Other Material)
1)mRNA富集试剂盒:Hieff NGS® mRNA Isolation Master Kit V2 (Yeasen Cat#12629)。
2)rRNA去除试剂盒:Hieff NGS® MaxUp Human rRNA Depletion Kit (rRNA & ITS/ETS)(Yeasen Cat#12257)或其他rRNA去除试剂盒。
3)RNA纯化磁珠: Hieff NGS® RNA Cleaner (Yeasen Cat#12602)或其他等效产品。
4)DNA纯化磁珠:Hieff NGS® DNA Selection Beads (Yeasen Cat#12601)或AMPure® XP Beads (A63880)或其他等效产品。
5)RNA质控:Agilent 2100 Bioanalyzer RNA 6000 Nano/Pico Chip或其他等效产品。
6)Adapters:Complete Adapter for Illumina®使用(Cat#13519-13520或其他等效产品)或Complete Adapter for MGI®使用(Cat#13360-13362或其他等效产品)。
7. 文库质检
Agilent 2100 Bioanalyzer DNA 1000 Chip/ High Sensitivity Chip或其他等效产品;文库定量试剂。
8. 其他材料
无水乙醇、无菌超纯水、低吸附枪头、PCR管、磁力架、PCR仪等。
建库流程图
图1:RNA建库流程
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