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翌圣&华大共发布中华家系一号全自动化转录组测序数据

 

自动化建库

当前，高通量测序已成为生命科学领域最有力的工具，极大促进了肿瘤、遗传病和病原等领域的发展。高通量测序中的建库操作仍存在流程繁琐、人力资源依赖程度高、自动化程度低等问题，限制了其在临床转化上的应用。为促进生产转型和临床应用，高效稳定的自动化建库方案是必由之路。

转录组测序
转录组测序（transcriptome sequencing）已经成为转录组研究的主要方法，可以全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，进而计算不同基因或转录本表达量、发现新的转录本、识别差异表达基因、分析可变剪切位点、检测融合基因等。

 

图1. 转录组测序流程（网图，侵删）

RNA标准品-衡量RNA建库质量的金标杆
中华家系1号全转录组RNA标准物质（GBW09904，GBW09905，GBW09906，GBW09907）是我国首次获批的组学标准物质，在生命科学领域开创了一种全新的标准物质研制模式。中华家系1号标准物质建立了生命测量的基准，在此基础上建立从组学数据产生到分析全过程的标准规范与质量控制体系，才能确保组学数据的质量和研究结果的可靠性。

 

图2.中华家系1号全转录组RNA标准物质

（预印版文献链接https://doi.org/10.1101/2022.09.26.507265）

全国科研与临床实验室转录组测序室间质评
室间质量评价预研活动旨在综合评估参评实验室转录组测序检测和分析结果的准确性和一致性，促进转录组学在科学研究中的可重复性和临床诊疗中的有效性。质评样本制备的原料来源包括人基因表达通用参考RNA、人脑组织来源参考 RNA、ERCC RNA内参混合物和中华家系1号人源B淋巴细胞系全转录组RNA标准物质。

 

翌圣生物联合华大智造，参考了国家卫健委临检中心组织的全国转录组室间质评方案，发布了中华家系1号标准品转录组自动化测试数据。

 

 

 
测试方案
 

 

※测试样本：中华家系1号RNA标准品（Quartet RNA）D5、 D6 、F7、 M8，且三次平行重复；

※建库试剂盒：Hieff NGS® Ultima Dual-mode mRNA Library Prep Kit（Cat#12309ES）；

※自动化平台：MGISP-960自动化平台；

※测序平台：DNBSEQ-G99。

 

 

 

 

12309ES兼容 Illumina 和 MGI 双平台以及双模式 mRNA 建库试剂盒

 

图3.mRNA 建库试剂盒流程原理图

 

 

 
结果展示

01

 

MGISP-960自动化建库与手动建库文库浓度

4个中华家系一号RNA标准品D5、D6、F7、M8样本，每个样本3次重复，同时采用MGISP-960自动化平台建库和手动建库，自动化建库与手动建库均具备高度均一的文库产量。

 

图4.自动化建库与手动建库文库浓度对比

02

 

MGISP-960自动化建库RNA-seq数据与中华家系一号的参考数据集对比

  • 数据质量综合评分

12309ES测序数据对比到中华家系一号的参考数据集，以分值来代表SNR和RC的综合水平。

 

Great！12309ES的数据质量评分高达9.733

 

  • 数据评价结果

基因counts、表达谱数据质量评价结果：每组样本包含 3 个技术重复，SNR为31.1，基因表达量结果在技术重复之间具有非常好的可重复性。

图5.样本表达谱数据 PCA 分析结果

 

基于标准物质参考数据集的基因表达差异倍数的准确性评价结果：12309ES的测序结果与中华家系 1 号全转录组 RNA 标准物质标准参考数据集差异分析，Pearson相关系数＞0.94，基因定量水平具有高准确性。

 

图6.基因表达差异倍数与参考数据集一致性分析结果

03

 

MGISP-960自动化建库RNA-seq数据的post alignment分析

D5、D6、F7、M84个RNA标准品采用12309ES于MGISP-960进行自动化转录组建库，测序结果post alignment分析，GC含量均分布在49%-50%之间、exonic%＞79%、intronic%＜18.5%、intergnic%＜2.5%，文库插入片段组分在270bp-300 bp之间，rRNA的占比＜1.3%，兼具完美的QC指标。

表1：post alignment分析的基本QC指标

图7.rRNA残留的占比

 

 

 
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适配仪器MGISP-960简介

翌圣生物携手华大智造联合推出翌圣-MGI联合品牌MGISP-960高通量自动化样本制备系统。

 

 

华大智造MGISP-960高通量自动化建库平台可同时对96例样本进行自动化建库，完美适用于高通量、交付型实验室，在大幅度解放实验室人力的同时，减少人工操作对实验造成的影响，提高文库制备稳定性。

 

 

 

400-6111-883