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传统RNA富集方法vs一步法靶向RNA快速去除技术

近年来， RNA二代测序技术成为生命进展和疾病诊断等领域的重要研究手段。但是，不同来源的样本中的RNA种类占比具有极大的不均一性，如正常细胞中核糖体rRNA约占总RNA的90%-95%，而血液中珠蛋白的mRNA约占总mRNA的76%以上，这些RNA的存在占据了大部分的测序数据，严重影响低丰度RNA的检测，提高了测序成本。rRNA以及Globin的去除，对于实现RNA经济高效的测序至关重要。

 

操作繁琐，传统rRNA耗时太长

 
对于原核生物以及一些低质量的样本如FFPE来说，不适用于oligo-dT磁珠的回收富集，因而基于RNase H消化去除的方法也被广泛接受，但是整体流程相对复杂，全流程耗时约1-2 h左右，操作共需要30多步，时间更长，操作也更复杂。
 
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图1.基于RNase H的传统rRNA去除路线
 

3 min完成rRNA去除，等你来盘！

 
翌圣生物自主研发的一步法靶RNA快速去除技术可以在RNA建库过程中快速去除不需要的rRNA和珠蛋白mRNA，整个过程只需要3 min，一步操作。产品包括Hieff NGS® One-Step rRNA Removal Kit（一步法快速rRNA去除试剂盒）和Hieff NGS® One-Step Globin RNA Removal Kit（一步法快速珠蛋白RNA去除试剂盒）。
 
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图2. 逆转录阻碍探针法去除rRNA原理示意图
 
一步法靶向RNA去除快速技术的原理是利用强结合能力的逆转录阻碍探针优先封闭靶RNA，阻止逆转录酶通过逆转录阻碍探针锁定的靶RNA位点，从而达到在逆转录过程中去除靶RNA的目的。
 
相较于传统RNA富集方法，一步法rRNA去除试剂具有以下优点，极大简化了操作流程和提高了建库效率：
 

  • 操作简单（仅需一步加样操作）

  • 耗时3 min（无需额外的纯化操作）

  • 对非靶RNA保留完整、特异性强、效率高和基因检出数高

 
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图3.三种RNA富集方法原理对比
 

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1. 不同起始量RNA样本中rRNA去除效率对比

 
不同Input RNA的293T细胞采用一步法rRNA去除试剂盒进行去除，随后采用翌圣RNA建库试剂盒进行文库构建（Cat#12252），分析结果显示一步法rRNA去除试剂盒能高效完成rRNA的去除。
 
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图4. 不同起始量RNA样本中rRNA去除效率对比
 
注：为了获得更好的建库产量，建议1-100ng RNA投入量使用Cat#12259，100-1000ng RNA投入量使用Cat#12258。
 

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2. 不同质量FFPE RNA样本中rRNA去除效率对比

 
不同质量度的FFPE样本采用一步法rRNA去除试剂盒进行去除，随后采用翌圣RNA建库试剂盒进行文库构建（Cat#12252），分析结果显示一步法rRNA去除试剂盒能高效完成rRNA的去除。
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图5. 不同质量度RNA样本去除效率对比；左（DV200=70%）, 中（DV200=43%），右（DV200=12%）
 
注：DV200 表示大于 200 个核苷酸的 RNA 片段占所有 RNA  片段的百分比。
 
 

专利授权

 
翌圣生物逆转录阻碍探针法获得了国家知识产权局的发明专利授权。任何在逆转录过程中利用逆转录阻碍探针混合物去除靶RNA的方法都应属于本专利的保护范围。
 
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订购信息

 
产品名称
产品货号
产品规格
Hieff NGS® One-Step rRNA Removal Kit(Human,100-1,000 ng) 一步快速去除核糖体RNA试剂盒(人)
12258ES24/96
24/96 T
Hieff NGS® One-Step rRNA Removal Kit(Human,1-100 ng) 一步快速去除核糖体RNA试剂盒(人)
12259ES24/96
24/96 T
Hieff NGS® One-Step Globin mRNA Removal Kit(Human) 一步快速去除珠蛋白mRNA试剂盒(人)
12260ES24/96
24/96 T
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400-6111-883