MaxUP II建库试剂盒中的全能王-文库转化率高达60%(适用FFPE建库、cfDNA建库样本)
——建库试剂盒中的全能王
1、产品概述
Hieff NGS® MaxUpII DNA Library Prep Kit for Illumina®，可用于NGS测序中DNA样本文库构建，采用高质量的酶学组成，改进型接头连接技术，以及具有强扩增效率的高保真酶，显著提高文库转化率与扩增效率，Input DNA范围为500 pg-1 μg，适用包含cfDNA、FFPE在内的所有样本进行文库构建，产品可以应用于全基因组测序、靶向捕获测序、Chip-seq等测序方法中。
2、产品特点
适用样本类型广：包含cfDNA、FFPE在内的所有样本均能获得优异文库和测序质量
应用范围广：产品可应用于全基因组测序、靶向捕获测序、Chip-seq等等
高品质酶学组成：接头连接效率高，高达60%、超高保真性和超强扩增效率
品质稳定：严格的批次性能与稳定性质控
3、操作流程
精简的操作步骤，2-2.5小时快速建库
4、产品优势
1）文库转化效率高达60%
图1. Agilent 2100 检测350bp平末端DNA片段单端和双端连接产物峰
0：350bpDNA片段峰、1：单端接头连接产物峰、2：双端接头连接产物峰。测试基于各公司的标准 protocol进行。
图2. 接头连接效率百分比（%）
对图1峰面积进行积分后的定量结果显示Hieff NGS™ MaxUp II Kit 的双端连接效率可达60%
2）扩增效率高，兼容不同GC含量样本
使用具有强扩增效率的Super CanaceTM High-Fidelity Mix用于文库扩增，效率更高。
|
产品名称 |
GC 38% (ng) |
GC 50% (ng) |
GC 70% (ng) |
|
Super Canace® High-Fidelity Mix |
25.6 |
18 |
17.1 |
|
K*-HiFi mix |
15.8 |
16.7 |
21.1 |
1 ng GC含量分别为38%、50%、70%的400 bp DNA片段为起始样本，12 cycles扩增。
3）文库产量高
|
样本 |
100 ng FFPE |
5 ng cfDNA |
||
|
7 cycles (ng) |
10 cycles (ng) |
9 cycles (ng) |
12 cycles (ng) |
|
|
MaxUP II |
400 |
2000 |
120 |
1200 |
|
K* 品牌 |
150 |
1100 |
100 |
1080 |
以FFPE和cfDNA为起始样本建库，相对同类型试剂盒品牌 K*，在相同扩增循环数下，获得更多文库产量。
4）数据无偏好性
在不同GC含量样本中，使用Hieff NGS™ MaxUP II Kit均能获得碱基质量好且覆盖度均一的测序数据。
|
样本 |
Mapped Reads (%) |
Coverage (%) |
||||
|
Average |
5× |
10× |
15× |
20× |
||
|
蜡状芽孢杆菌（GC 34%） |
93.8 |
99.644 |
99.643 |
99.641 |
99.639 |
99.638 |
|
大肠杆菌（GC 51%） |
92.7 |
93.057 |
92.782 |
92.687 |
92.625 |
92.579 |
|
嗜盐杆菌（GC 65%） |
94.2 |
99.598 |
99.028 |
98.391 |
97.885 |
97.419 |
图3. 不同GC含量样本测序偏好性图谱
5、客户反馈
5.1建库产量高
1）杭州某生物公司迈*
洗相同条件下对比实验，脱体积32 μL，对比文库产量，翌圣MaxUpII文库产量比K*文库产量更高
|
MaxUp II |
K* Hyper |
|||||
|
Input DNA |
50 ng |
25 ng |
10 ng |
50 ng |
25 ng |
10 ng |
|
循环数 （cycles） |
7 |
9 |
13 |
7 |
9 |
13 |
|
文库浓度 (ng/µL) |
15.4 |
23.8 |
58.2 |
8.76 |
13.5 |
52.4 |
图4. 对比文库质量峰图，翌圣MaxUpII文库主峰单一，大小与目的片段的大小一致，K*品牌建库试剂盒出现多峰的现象
2）北京某基因技术有限公司中*
gDNA样本（NA12878），平行实验中，翌圣建库试剂盒MaxUpII与K*品牌对比，文库质量和产量基本一致，在捕获建库中能兼容不同的捕获试剂！
|
样本名称 |
Pre试剂盒 |
Pre-pcr酶 |
起始投入量（ng） |
Pre-pcr循环数 |
Pre-pcr浓度（ng/μL） |
杂交捕获试剂 |
Post-pcr循环数 |
Post-pcr浓度（ng/μL） |
|
K1 |
K* |
K* |
100 |
9 |
116 |
SureSelect XT |
11 |
3.62 |
|
K2 |
K* |
K* |
100 |
9 |
116 |
自制 |
11 |
5.58 |
|
Y1 |
YEASEN |
K* |
100 |
9 |
96 |
SureSelect XT |
11 |
2.98 |
|
Y2 |
YEASEN |
K* |
100 |
9 |
95.2 |
SureSelect XT |
11 |
2.62 |
|
Y3 |
YEASEN |
K* |
100 |
9 |
99.6 |
自制 |
11 |
6.14 |
|
Y4 |
YEASEN |
K* |
100 |
9 |
96.4 |
自制 |
11 |
4.88 |
5.2文库对应测序更为准确
1）上海某医学检验所渥*
|
Input DNA |
ctDNA |
ctDNA |
||
|
Library Prep Kit |
K* Hyper |
Yeasen MaxUp II |
||
|
Adapter |
K* |
Yeasen |
||
|
Clean Beads |
AMPure XP |
Yeasen |
||
|
Panel |
homemade (0.7 M) |
肿瘤用药相关的区域 |
homemade (0.7 M) |
肿瘤用药相关的区域 |
|
Target enrichment Kit |
Roche NimbleGen |
Roche NimbleGen |
||
|
Number of reads |
69,584,944 |
84,254,863 |
||
|
Mapped reads |
69,443,695 |
99.80% |
84,061,118 |
99.77% |
|
Duplicate Reads skipped |
33,619,961 |
48.31% |
36,539,873 |
43.37% |
|
Region size/percentage of reference |
603,967 |
0.02% |
603,967 |
0.02% |
|
Mapped reads（in region） |
37,974,721 |
54.57% |
46,955,235 |
55.73% |
|
Duplicated Reads(in region) |
23,393,464 |
61.60% |
28,074,535 |
59.79% |
|
Unduplicated mapped reads(in region) |
14,581,257 |
20.95% |
15,831,372 |
18.79% |
|
Coverage Mean |
30,324,926 |
32,898,505 |
||
|
Insert size P25/Median/P75 |
155/170/192 |
153/168/188 |
图5. K*品牌与翌圣MaxUpII建库试剂盒测序数据对比柱状图
订购信息
|
产品 |
货号 |
规格 |
价格（元） |
|
12200ES08/24/96 |
8/24/96libraries |
2456/6486/23567 |
相关产品推荐
|
类别 |
名称 |
货号 |
规格 |
价格(元) |
|
|
建库模块 |
末端修复/加A |
12608ES24/96 |
24/96 T |
2066/6166 |
|
|
连接模块 |
12607ES24/96 |
24/96 T |
2933/9773 |
||
|
扩增模块 |
2×Super Canace® II High-Fidelity Mix for Library Amplification |
12621ES24/96 |
24/96 T |
583/1783 |
|
|
接头 |
完整接头 |
12615/6/7/8ES04/16 |
12×4/12×16 T |
1256/4536 |
|
|
短接头 |
12611/2ES02 |
48×2 T |
1493 |
||
|
12613/4ES02 |
96×2 T |
2753 |
|||
|
磁珠 |
DNA分选 |
12601ES56/75 |
60/450 mL |
6286/26186 |
|
|
定量 |
Qubit |
12640ES60/76 |
100/500 T |
686/2696 |
|
