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rRNA去除试剂盒,满足不同样本去除需求

一、背景介绍

生物体内 Total RNA中rRNA占比高,但是可以提供的有效信息少,这些RNA会产生大量的没有价值的数据,对于获取生物信息研究意义不大,同时,占比较高的rRNA,使得mRNA在转录本中相对丰度低,从而影响低丰度的转录本的检测。因而在常规的RNA 测序(RNA-seq)中,rRNA的有效去除对于实现RNA经济高效的测序至关重要。

 

二、产品描述

 

(一)MaxUp 系列rRNA去除试剂

 MaxUp 系列rRNA去除试剂基于RNase H消化法去除样本总RNA(Total RNA)中的核糖体RNA(rRNA),以保留信使RNA(mRNA)和其它非编码RNA。针对的样本类型丰富,起始量范围广泛,全流程仅需不到2h,手工操作的时间少于10min。同时针对常规样本和低质量样本(如FFPE类)均可对rRNA高效去除,显著提高测序数据中有效数据信息,实现RNA样本的经济高效测序。

 

MaxUp系列rRNA去除流程

 目前rRNA的去除方式以RNA酶消法为主 ,特别对于部分RNA降解样本(如FFPE样本)RNA酶消法更能展现其优势。

 

1612943463848494.png 

1. MaxUp系列rRNA去除原理示意图

 

三、性能展示

 

(一) 植物样本

 

利用RNase H消化去除植物来源总RNA中的核糖体RNA,利用qPCR对比去除前后rRNA基因和mRNA基因的表达量变化:结果表明本产品能对植物中rRNA高效去除。

图片.png 

2.1μg 拟南芥叶片 RNA进行rRNA去除,qPCR对比去除前后rRNA基因和mRNA基因的表达量变化

 

(二) /大鼠/小鼠类样本

 

利用RNase H消化去除植物来源总RNA中的核糖体RNA,建库后送测序,数据分析显示本产品针对该类样本中rRNA可高效去除。

 

图片.png 

3.分别以1μg人小鼠大鼠总RNA为样本, rRNA去除后建库测序分析rRNA残留

 

(三) 低质量RNA样本(如FFPE RNA)

 

低质量样本中往往ITS/ETS序列比例残留较多(参考下图FFPE RNA: DV200=20%),而这部分序列同样也会产生较多的无效数据,所以在低质量样本中通过新增ITS/ETS探针,可进一步有效富集目标序列。本产品中除了针对常规的45S Pre-rRNA的探针之外,还增加了Human 45S ITS/ETS区域的探针设计,在不影响常规样本中rRNA去除效果的基础上,确保对于低质量样本中的rRNA也能够更加高效的去除 。

 

图片.png 

4. 增加ITS/ETS探针前后,rRNA残留以及ITS/ETS残留情况数据对比

 

四、订购信息

 


类型

名称

货号

规格

rRNA去除

Hieff NGS® MaxUp rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)

12253ES08/24/96

8/24/96T

Hieff NGS® MaxUp rRNA Depletion Kit (Plant)

12254ES08/24

8/24T

Hieff NGS MaxUp Human rRNA Depletion Kit(rRNA & ITS/ETS)

12257ES08/24/96

8/24/96T


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