NGS建库的关键壁垒
在NGS建库中,最终的文库质量受到多种因素的影响,概括起来可以分为三类,起始样本质量、建库试剂盒质量、建库过程中操作人员的手法,而在建库步骤种,连接模块的连接模块无疑是至关重要的,打个比方,如果更多的样本两端都连接上接头,则可以在FlowCell上通过桥式扩增形成簇,完成测序过程,可以说,接头连接效率直接影响着最终测序数据的文库转化率、文库复杂度、均一性、准确性和覆盖度。
传统的连接酶在连接受到多重因素的限制:
1)连接效率低:最高只能达到60%;
2)不稳定:针对不同接头的连接效率差异大;
3)样本适用性低:FFPE等样本连接效率低于其他类型样本。
选择Fast DNA连接酶的五大理由
翌圣Fast DNA连接酶在多种突变体中筛选而得,去除核酸酶、切口酶、磷酸酶的残留,采用高纯度标准生产和严格的质量检测,从而保证性能。该酶不仅能够催化平末端或粘性末端之间的连接反应,还可修复dsDNA、dsRNA 或 DNA/RNA 杂交双链中的单链切口。
1)卓越的连接效率:高达80%;
2)适用于多种连接接头:兼容华大和Illumina测序平台接头;
3)适用多种样本:适用于FFPE、cfDNA等样本;
4)应用广泛:可应用于NGS建库、分子克隆、大片段连接;
5)严格质控:严格批次间稳定性控制。
数据显示
1)更高的连接效率
使用12199ES/Hieff NGS® Ultima DNA Library Prep Kit构建PCR free文库,样本为 170bp cfDNA模拟物(16种PCR产物混合),进行Agilent 2100进行文库检测,结果如下:
170 bp fragment PCR-free library谱峰指认:
①未连接接头产物
②单端接头连接产物
③双端接头连接产物
④残留接头
样本制备方法:使用170 bp多重PCR产物作为cfDNA模拟品,该PCR产物经过设计,3’端含有所有碱基的组合(共16种)。
【注】连接效率测评方法:使用固定长度的DNA片段构建PCR free文库,文库在连接接头后进行Agilent 2100检测,计算双端连接接头的文库片段占总片段的比例。
2)文库产量好
使用DNA建立试剂盒进行文库构建,更换不同得连接模块,对比最终文库产量,结果如下:
订购信息
产品应用 |
货号 |
名称 |
连接模块(应用于DNA、RNA建库试剂盒) |
12604ES24/96 |
|
单酶(连接模块核心酶、分子克隆、大片段连接) |
10299ES40 |