1、细菌：细菌在普通倒置显微镜高倍镜下大多可见，根据感染细菌种类不同，呈现不同的外形。其培养基一般会变浑浊、变黄较快，对细胞生状态影响明显。

图1：细胞受到细菌污染图

2、真菌：真菌污染在显微镜下可以看到丝状物，有些真菌开始很像死细胞碎片，呈珊瑚状，随时间转移会长出黑色丝状物。真菌生长的比较慢，一般培养基清亮，不变色，不如细菌易被发现，一旦发现有它的存在，细胞污染就比较严重了，也很难救活。

图2：细胞受到真菌污染图

5、原虫*：该污染在显微镜下易观察到，轻微活动，细胞能生长但繁殖速度明显减慢，培养基产生浑浊，细胞状态差，边缘不清楚，细胞不透亮。其能与细胞共生并争夺培养基营养，当到达一定的数量时就会影响到细胞的生长，导致细胞死亡。（*对于原虫污染倾向于是细菌类污染）

图5：细胞受到原虫污染图

6、病毒：由于病毒过小导致培养过程中难以观察。由于在获得原代细胞过程中没有完全除去潜在的病毒，导致病毒污染。尽管病毒污染对细胞原代培养不会造成太大影响，但对下游工业生产如生产疫苗等造成安全隐患，因此需要尽量去除。

图6：病毒入侵猴肝脏细胞层图像（图 源自悉尼大学）

7、非同种细胞污染 ：这个主要指不同种类细胞产生的交叉污染，由于细胞培养过程中不同种类细胞株所需器材和溶液没有严格分开，导致细胞交叉污染。据报道，世界上已有多种细胞都被HeLa细胞所污染，致使许多实验宣告无效，因此避免非同种细胞污染也需要引起实验者的重视。

图7：细胞受到非同种细胞污染图