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高效修复试剂,让FFPE样本焕发新生

在分子生物学和医学研究领域,福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样本作为宝贵的生物资源,存储着大量的历史样本和临床信息。然而,FFPE样本因固定和存储过程中DNA降解、交联和片段化等问题,成为二代测序(NGS)分析的技术瓶颈。所以如何通过FFPE样本中获得的DNA建立合格的文库已成为当前测序研究领域亟待解决的问题。

 

 

什么是FFPE样本

 

FFPE样本是指通过福尔马林固定石蜡包埋(Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded)技术处理和保存的生物组织样本。这种方法能够较长时间地保存组织标本,且便于运输,所以广泛用于病理学、组织学和分子生物学研究,尤其是在癌症和遗传学研究中,是研究历史样本和临床样本的重要来源。

 

图1. FFPE标本

 

 

FFPE样本应用

 

FFPE样本通过福尔马林固定能够有效地保存组织结构和细胞形态,同时通过石蜡包埋将样本稳定化,为后续的长期保存提供条件。这些样本具有高度的可存档性和临床应用价值,能够跨越数年的保存时间,便于进行回顾性研究。总的来说,FFPE样本是连接临床病理数据与分子水平研究的重要桥梁,特别适用于那些需要从大量历史临床样本中提取基因组信息的研究项目。

 

图2. FFPE样本应用

 

 

FFPE样本特点

 

FFPE组织切片是宝贵的生物医学研究材料,被誉为病理科的“瑰宝”。它们蕴藏着丰富的疾病信息,为临床诊断和科学研究提供了重要的支持。然而,FFPE标本的制作过程却如同一把双刃剑,既赋予了它许多优势,也带来了某些挑战。

 

图3. FFPE样本特点

 

 

高质量建库,修复是关键

 

从福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样本中提取临床材料是一种常见且有效的方法。然而,固定和保存过程可能会对样本中的核酸质量造成损伤,影响其完整性。因此,想要从样本获得更多有用信息,包括高质量的序列数据就变得具有挑战性,尤其是当样本总量有限时。翌圣推出的FFPE修复试剂(Hieff NGS® FFPE DNA Repair Reagent,Cat#12606ES),由多种酶按特定配方优化混合而成,经过验证,能够有效修复FFPE样本中的DNA。该修复试剂不仅能提高文库产量,还具有无偏嗜性的特点,整体提升了建库的成功率。

损伤类型

是否修复

胞嘧啶脱氨成尿嘧啶

切刻与缺口

碱基氧化

3'端封闭

DNA片段化

×

核酸蛋白交联

×

表1. FFPE修复试剂修复能力汇总

 

在文库构建过程中,设置两组实验,针对相同样本进行比较。一组在末端修复加A步骤中添加修复试剂,另一组不添加修复试剂,同时进行文库构建。实验结果显示,FFPE修复试剂通过修复样本显著提高了低质量FFPE样本的文库产出,而对高质量FFPE样本的文库产量提升则不明显。

 

图4. FFPE修复试剂对建库产量的影响

 

对修复试剂在4℃和25℃恒温条件下进行稳定性测试。结果显示,在4℃和25℃放置4周后,文库产量与对照组相比基本无明显下降趋势。

 

图5. FFPE修复试剂稳定性测试文库产量监测图

 

FFPE样本承载着大量宝贵的临床和科研数据。通过我们的FFPE样本修复试剂,研究人员可以最大限度地挖掘这些样本的潜能,将“沉睡”的数据转化为推动医学进步的重要资源。

 

无论您是从事肿瘤基因组研究、遗传学分析,还是历史样本解读,我们的FFPE修复试剂都能为您的研究提供无与伦比的支持。加入我们,让每一份样本都闪耀它的价值!

 

 

产品选择指南

 

产品名称

产品编号

产品应用

MolPure® Magnetic FFPE DNA Kit 磁珠法石蜡包埋组织DNA提取试剂盒(瓶装)V2

18375ES

FFPE DNA提取

Hieff NGS® FFPE DNA Repair Reagent  FFPE DNA样本修复试剂

12606ES

FFPE DNA修复试剂

Hieff NGS® DNA Library Prep Kit 2.0 全能型DNA建库试剂盒2.0

12927ES

机械法建库

Hieff NGS® OnePot Pro DNA Library Prep Kit V3 一步法DNA建库试剂盒V3

12194ES

酶切法建库

 

 

 

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