DNA双螺旋模型的发现让人们认识到,生命最根本的基石是4个“碱基字母”及其相应的“书写规则”。现代分子生物学的发展对DNA的研究有了更精准的认识;DNA提取是分子生物学实验中必不可少的实验步骤。
土壤中的微生物多种多样,同时,土壤样本中常含有大量的抑制剂(腐殖酸、黄腐酸等腐殖质),腐殖质容易与核酸一起被抽提,且会影响DNA聚合酶活性,进而影响下游PCR及测序过程。获取土壤样本微生物DNA是土壤研究的第一步,也是下游实验能否成功进行的最关键的一步。
样本微生物含量低:增加样本量;调节样本的含水量等因素来优化裂解条件。
裂解不充分:增加物理破碎的时间和次数。
洗脱不充分:建议二次洗脱增加产量或提高洗脱体积。
难点二:提取的核酸出现降解,跑胶有弥散现象
优化裂解条件,避免过度裂解,降低物理破碎的力度;
操作过程中是否有污染 DAase,造成 DNA 降解;
可能有大量RNA的污染,可加入RNase I。
难点三:提取 DNA 的纯度过低,残留抑制物影响下游实验
样本复杂含有有机质高:需要特别去除杂质,必要时可以使用 PBS 清洗土壤并收集菌体;
杂质去除效果差,杂质残留多:选择有去除蛋白、腐质酸等复杂抑制物的去杂剂;
乙醇等没有充分挥发:晾晒步骤要充分,使醇挥发。
MolPure® Soil DNA Kit(Cat#18815ES),能高效获得土壤DNA,有利于实现后续对土壤微生物生态系统多样性的研究。
操作便捷:室温操作,仅需35min即可回收DNA。
产量高:独特的玻璃珠能高效裂解土壤微生物,释放更多DNA,最大限度地提取其产量。
适用范围广:适合花坛土、花盆土、农田土、山林土、淤泥、黑土等各类型土壤。
纯度高:有效去除土壤中腐殖酸、重金属离子等杂质,并与离心柱法纯化相结合,提高了DNA的纯度。
图1 土壤DNA提取操作流程图
250mg池塘土壤样本,分别用18815ES和竞品提取,洗脱体积50μL,18815ES相对竞品展现出更优异的DNA浓度和纯度。
表1 DNA提取浓度和纯度
图2 土壤DNA琼脂糖凝胶电泳图
肠道微生物的种类、数量、生理活动等,参与影响人体多种生理机能,并与部分疾病的发生紧密相关。粪便中含有的成分非常复杂,包括包括水分、蛋白质、无机物、脂肪、未消化的食物纤维、脱了水的消化液残余、维生素K、维生素B等,因此从粪便中提取核酸并非易事。
难点一:粪便中革兰氏阳性菌难以破壁
加入裂解液后充分震荡混匀;
针对含革兰氏阳性菌等较难裂解的粪便样本,可提高样本裂解的温度。
难点二:提取 DNA 中的残留物质抑制下游实验
转移上清时避免吸到粪便颗粒;
去除杂质时,应充分震荡混匀;
对于非常干燥的粪便样本,需要适当减少样本量。
MolPure® Stool DNA Kit 粪便 DNA 提取试剂盒(Cat#18820ES),能高效提取粪便DNA,有利于实现后续对肠道微生物生态系统多样性的研究。
操作便捷:室温操作,仅需35min即可回收DNA。
产量高:独特裂解液配方,释放更多DNA,最大限度地提取其产量。
纯度高:独特的杂质去除剂配方,能很大程度去除粪便中的杂质,并与离心柱法纯化相结合,提高了DNA的纯度。
图3 粪便DNA提取操作流程图
来自8位自愿者的粪便样本,取200mg样本,采用18820ES和竞品提取粪便DNA,洗脱体积50μL, 18820ES相对竞品展现出更优异的DNA浓度和纯度。
表2 粪便DNA提取浓度和纯度
图4 粪便DNA提取琼脂糖凝胶电泳图
产品编号 |
产品名称 |
产品应用 |
18815ES |
MolPure® Soil DNA Kit |
土壤DNA提取 |
18820ES |
MolPure® Stool DNA Kit |
粪便DNA提取 |
产品编号 |
产品名称 |
产品应用 |
18700ES |
MolPure® Cell/Tissue DNA Kit |
细胞/组织DNA提取 |
18725ES |
MolPure® Marine Animals DNA Kit |
海洋动物DNA提取 |
18730ES |
MolPure® Blood DNA Kit |
血液DNA提取 |
18780ES |
MolPure® Micro DNA Kit |
微量DNA提取 |
18800ES |
MolPure® Plant DNA Kit |
植物DNA提取 |
18801ES |
MolPure® Plant Plus DNA Kit |
多糖多酚植物DNA提取 |
18806ES |
MolPure® Bacterial DNA Kit |
细菌DNA提取 |
18812ES |
MolPure® Fungal DNA Kit |
真菌DNA提取 |