各个品牌预染蛋白Marker标定采用的非预染蛋白质Marker不一样。分子量相同的蛋白由于氨基酸残基序列组成不同，与SDS的结合有差异，从而显示出不同的表观分子量。

翌圣生物标定采用广泛通用的进口品牌非预染蛋白质Marker进行标定，并且标示分子量与标定实测表观分子量非常接近(通过多次和多平行样测定）。

各个品牌预染蛋白Marker标记采用的染料不一样，导致在不同缓冲体系中的表观分子量变化不一样，有时差距极大。比如，某进口品牌蓝色条带在Tris-Glycine与Bis-Tris胶中比较，其表观分子量变化均超过10%以上，有的条带变化甚至超过20%。

翌圣生物预染蛋白Marker的蓝色和绿色条带表观分子量在不同的缓冲体胶中基本无变化（Tris-Glycine，Bis-Tris，Tris-acetate，Tricine）或变化极小（Hepes-Tris）；红色条带跟进口品牌变化基本一致，在Bis-Tris，Tris-acetate和部分改良TrisGlycine预制胶中表观分子量降低约10%。

目的蛋白的大小一般为理论分子量（根据组成氨基酸的数量计算出来的分子量），但由于蛋白质和多肽链的氨基酸残基组成和序列不同，结合SDS的量有差异，因此具有同样理论分子量的蛋白质其表观分子量常常与理论值有出入，有时甚至偏差很大。并且有时目的蛋白可能还存在侧链修饰，也会造成有差异。

所以不能以目的蛋白的理论分子量评定蛋白Marker的准确与否。