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翌圣超低残留分子酶解决tNGS/mNGS背景菌干扰

近年来全球感染性疾病的发病率有所上升,病原体呈现多样化和复杂化的发展趋势,半数患者存在病原体不明的困境,病原体的快速诊断面临严峻挑战。目前用于临床病原体检测的方法包括传统培养法、PCR法、宏基因组测序(mNGS)、病原靶向测序(tNGS)等。   

表1.病原体检测方法比

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背景菌干扰

常用的PCR或mNGS、tNGS病原检测方法等都需要用到一系列的分子酶,如用于PCR,tNGS用的Taq DNA Polymerase;用于建库的T4 DNA Polymerase、T4 Polynucleotide Kinase、T4 DNA Ligase等。由于商业化分子酶主要采用工程菌株(如大肠杆菌等)进行重组表达,因此分子酶中会存在一定量的宿主基因组DNA残留。加上制备环境和人源等因素影响,分子酶制品中极易存在污染DNA。在病原体检测过程中,污染的DNA可能会淹没低丰度的靶标核酸或和靶标核酸一起被检出,从而影响结果的判读。

 

翌圣超低残留分子酶解决方案

为解决病原检测背景菌干扰问题,翌圣已建立完善的超低残留分子酶研发、生产平台,通过物料、环境、工艺、过程、质量等多环节把控,目前已实现多种超低残留分子酶的规模化生产。
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图1. 翌圣超低残留分子酶研发、生产环节把控

 

  • 物料控制:筛选低残留高级别的试剂、耗材

严格地来料检测,筛选低残留高级别的试剂和耗材,避免引入外源核酸污染。

 

  • 环境控制:UCF.ME®超洁净分子酶生产基地

     

严格按照ISO13485质量管理体系,遵循GMP标准进行分子酶生产。在符合D级、C级和局部A级洁净室标准的环境下,使用全封闭式系统进行分子酶的制备,避免外源核酸污染,保证分子酶的低残留和高性能。

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图2. 翌圣UCF.ME®超洁净分子酶生产基地

 

  • 工艺控制:翌圣超低残留去除技术

常规分子酶生产工艺需要的纯化步骤多,且产量较低。制备低残留高纯度的分子酶产品时,质量与产量之间难以平衡,且可控性差,合格率低,因而导致批次间差异较大。

 

翌圣的超低残留去除技术纯化步骤由繁变简,针对性的逐级去除相关残留,在精准高效地去除残留的同时,提高纯化工艺的稳定性与产量,降低批间差。
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图3. 翌圣核酸残留去除工艺示意图

 

  • 过程与质量控制

翌圣同步搭建了分子酶分析与质控平台,遵循ISO13485质量管理体系进行酶活、残留(核酸酶、宿主DNA等)检测、应用表征等方法学的开发、验证、转移、确认、产品质控及放行,确保产品质量。

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图4. 分子酶分析与质控平台

 

翌圣超低残留分子酶产品

翌圣ZymeEditorTM双向分子酶理性设计与定向进化平台开发的高性能分子酶,通过超低残留分子酶生产工艺及UCF.ME®超洁净分子酶生产基地生产制备,目前可规模化提供用于RT-qPCR检测,NGS建库的全套高性能、超低残留分子酶原料,助力解决病原检测中的背景菌干扰,提高检测准确度。

 

表2. 翌圣超低残留分子酶

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部分残留数据展示(以UCF.ME® Taq DNA聚合酶为例)

 

1.E.coli基因组DNA残留< 0.005 copies/1 U
对不同批次的Taq DNA 聚合酶进行宿主(E.coli)基因组DNA残留检测,结果显示Taq DNA聚合酶宿主基因组DNA残留远低于0.005 copies/1 U。
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图5. Taq DNA聚合酶E.coli 基因组DNA残留检测

 

2.质粒DNA残留无检出,优于进口品牌
对翌圣及进口品牌A的Taq DNA聚合酶进行质粒DNA残留检测,结果显示,进口品牌的Taq DNA聚合酶中存在质粒DNA残留,翌圣超低残留Taq DNA聚合酶中质粒DNA残留无检出,具有批次间稳定性。
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图6. 翌圣及进口品牌A Taq DNA聚合酶质粒DNA残留检测
 
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图7. 翌圣不同批次Taq DNA聚合酶质粒DNA残留检测
 

翌圣超低残留分子酶定制化服务

为更好地解决病原检测中的背景菌干扰问题,翌圣特别推出超低残留分子酶定制化生产服务,可根据客户需求进行酶类、核酸残留水平、规格等多参数定制化生产。如需了解更多信息,可拨打400-6111-883热线或与业务员同事18186211438(微信同号)联系,我们将竭力为您服务!

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