T7 High Yield RNA Synthesis Kit 进行了转录反应体系的优化,试剂盒使用 T7 RNA 聚合酶并以含有 T7 启动子序列的线型双链 DNA 为模板,以 NTPs 为底物,对启动子下游的 DNA 序列进行转录,高效合成单链 RNA。转录时可在底物中加入修饰的核苷酸,制备生物素或染料标记的 RNA。
本试剂盒可以合成长转录本以及短转录本,以 1 μg 的模板投入量可以产生 100-200 μg 的 RNA,转录合成的 RNA 可用于诸如 RNA 结构与功能研究、RNA 酶保护、探针杂交、RNAi、显微注射及体外翻译等多方面的下游应用。
Figure 1: RNA体外转录过程
l 极高的产量—2小时内产量可以达到200 µg
l 通用—适用于20nt-10000nt RNA的转录
l 高的性能—降低IVT过程中的副产物
l 多种应用—可用于普通、标记、修饰的RNA合成
Figure 2 体外转录产量对比
Figure 3 不同长度转录产物的质量
Figure 4转录的mRNA在HEK-293细胞中的表达量
注: mRNA已经用Vaccinia Capping Enzyme(Yeasen#10614/10615)进行了加帽
A. 试剂解冻
将 T7 RNA Polymerase Mix 短暂离心置于冰上。解冻 10×Transcription Buffer 和核糖核苷酸(ATP、CTP、GTP、UTP)混匀并离心至管底,10×Transcription Buffer 置于室温,4 种核糖核苷酸置于冰上备用。
B. 室温装配转录反应
按下列体系配制反应体系
组分 |
体积(μL) |
终浓度 |
RNase free H2O |
Up to 20 |
- |
10×Transcription Buffer |
2 |
1× |
CTP / GTP/ ATP/ UTP (100 mM each) |
2 each |
10 mM each |
Template DNA |
1 µg |
- |
T7 RNA Polymerase Mix |
2 |
- |
注:
1. 反应于室温配置。由于10×Transcription Buffer中含有亚精胺,低温下亚精胺浓度过高会引起 DNA 模板沉淀。
2. 短转录本(<100 nt),模板可使用 2 ug,转录时间增至 4-8 个小时。
3. 长转录本(>1000 nt),建议使用质粒线性化模板进行转录。
4. 建议在 PCR 仪中进行反应,热盖打开,防止长时间导致反应液蒸发。
5. 反应产物可能有白色沉淀。这是反应过程中游离的焦磷酸与反应液中的镁离子形成焦磷酸镁,不影响后续实验。如 想去除,添加 EDTA 即可消失。添加 EDTA 如果影响后续实验,也可以离心回收上清。
6. 使用试剂、容器等无 RNase 污染。
C. 37℃孵育 2 个小时
将上述反应液混合均匀,短暂离心至管底,37℃孵育 2 个小时。若转录本长度小于 100 nt,增加反应时间至 4-8 个小时。
D. DNase I处理(可选)
反应完成后,每管加入 2 μL DNaseⅠ(RNase free),37℃孵育 15 min 以去除模板 DNA。
1. 转录产物产量低
模板的质量与产量密切相关,实验组产量明显低于对照组可能原因有:
①实验模板中有抑制反应成分;
②实验模板本身原因。
建议:
①重新纯化模板;
②确定模板定量以及其完整性;
③延长反应时间;
④加大模板投入量;
⑤尝试其它的启动子和 RNA 聚合酶。
2. 短转录本产量低
转录起始片段短会抑制反应,转录产物小于 100nt 时,延长反应时间至 4-8 小时或增加模板量至 2ug 可以提高 RNA 产量。
3. RNA 转录长度大于预期
如果电泳显示产物条带大于预期大小,可能原因:
①质粒模板可能没有完全线性化;
②有义链 3’端为突出结构;
③RNA存在未完全变性的二级结构。
建议:
①检查模板是否完全线性化,如有必要,额外进行线性化;
②选择合适的限制性酶,避免产生3’突出端,或者用 Klenow Fragment 或 T4 DNA 聚合酶补齐后,再进行转录;
③使用变性胶检测RNA产物。
4. RNA 转录长度小于预期
如果电泳显示产物条带小于预期大小,可能原因:
①模板包含类似于 T7 RNA 聚合酶的终止序列;
②模板中GC含量高。
建议:
①降低反应温度(比如,30℃),有时降低温度可以增加转录长度,但会降低产量。或者尝试不同的 RNA 聚合酶进行转录;
②若模板 GC 含量高,采用 42℃进行转录反应,或者添加 SSB 提高产量及转录长度。
5. 转录产物电泳拖尾
电泳过程中有拖尾现象,可能原因:
①实验操作过程被 RNase 污染;
②DNA 模板被 RNase 污染。
建议:
①实验过程中使用 RNase-free 的枪头和EP管,佩戴一次性乳胶手套和口罩,所有试剂均用 RNase free H2O配制。
②重新纯化模板DNA
产品名称 |
货号 |
规格 |
10623ES |
50/100/500 T |
|
10673ES |
50/100/500 T |
|
10614ES |
2KU/10KU/100KU |
|
10677ES |
10μL /100μL /500μL /1ml |
|
10612ES |
10KU/50KU/250KU |
|
10611ES |
500/2000/10000 U |
|
12602ES |
1/5/60/450 mL |
|
12603ES |
24/96 T |