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琼脂糖凝胶电泳,让您的PCR结果完美呈现

琼脂糖凝胶电泳是用琼脂糖作支持介质的一种电泳方法,常用于DNA 切胶回收,DNA 分离和用于佐证DNA 是否重组、质粒等是否切开。

 

琼脂糖凝胶电泳的分析原理与其他支持物电泳最主要区别是它兼有“分子筛”和“电泳”的双重作用。作为分子筛的琼脂糖凝胶具有网络结构,物质分子通过时会受到阻力,不同大小的DNA分子带电情况不同,在电场中受力也不同,因此从负极向正极迁移的速度不同。大分子物质在涌动时受到的阻力大,因此在凝胶电泳中,带电颗粒的分离不仅取决于净电荷的性质和数量,而且还取决于分子大小,这就大大提高了分辨能力。

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如何跑好琼脂糖凝胶电泳?这3项必备:琼脂糖、核酸染料、DNA marker。

琼脂糖——虽然我不甜,但还是想要你宠我



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琼脂糖(Agarose)是纯化的线性半乳聚糖亲水胶体,提取自琼脂或者含琼脂的海藻,结构上是一种线性聚合物,由β-D-吡喃半乳糖(1-4)连接3,6-脱水α-L-吡喃半乳糖基构成。




琼脂糖基本参数


硫酸盐含量(sulfate content)
——纯度指标;

凝胶强度(gel strength)——施加于凝胶使之断裂的外力;

胶凝点(Gel point)——水溶性琼脂糖溶液冷却后形成凝胶时的温度;

电内渗(EEO)——液体穿透凝胶的一种电动运动。琼脂糖凝胶内的阴离子基团吸附在基质上不会发生迁移,但是解离的阳离子就会朝负极迁移,从而产生电渗。由于样本的电泳迁移通常是朝正极移动,因此EEO产生的内部对流会干扰分离效率。

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注:图示为翌圣琼脂糖10208ES60产品展示图。



所以,根据琼脂糖的基本参数,优质的琼脂糖凝胶应该胶孔清晰、胶体不易断,具备纯度高(硫酸盐含量低)、凝胶强度大、胶凝点相对高(常温条件下凝固快)、电内渗低等特点。不同大小的目的片段也对应着不同大小的琼脂糖浓度,根据高浓度适合分离小片段原则,可参考下表找到合适自己的最佳胶浓度。

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核酸染料——无毒无公害,核酸尽显形

琼脂糖凝胶电泳必然离不开核酸染料的加持,溴化乙锭(Ethidium bromide,EB)是应用最早的、最成熟的核酸染料,并且由于其价格便宜、灵敏度高,早期被实验者广泛应用。但其分子量小,很轻易就能穿透细胞膜,属于诱变剂,具有高致癌性,对人体潜在危害非常大。实验者使用时需要谨慎再谨慎,另外,单独的EB区占用了实验室的大块空间,废胶、废液的处理费时、费力又费钱,以及不小心碰到EB区的东西可能再也不能重见天日了,真是让人又爱又恨。

 

随着技术的发展,人们对健康与环境安全的重视,无毒核酸染料应运而生。

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那么,市面上宣称的无毒核酸染料真的无毒吗?除了无毒还有什么优势呢? 带着这些问题,可以参考翌圣YeaRed,一款替代EB的安全无毒核酸染料,来作为选择依据。

 

YeaRed是翌圣生物研发的一种新型无毒核酸染料,具有独特的油性大分子结构,不能穿透细胞膜进入细胞内,不易挥发升华,人体不会吸入,从而最大程度上保证了实验者安全。另外,YeaRed核酸染料进行了Mini-Ames试验,检测结果为阴性,即在凝胶染色浓度下YeaRed核酸染料无毒性。(具体检测报告可向我公司技术咨询)

 

产品性能测试


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图1. 核酸染料YeaRed的琼脂糖凝胶电泳图。电泳条件:120 V,30 min。样品为2000 DNA Marker,1-5上样量分别为1-5 uL。

 

客户反馈


★复旦大学

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图2. 核酸染料YeaRed的琼脂糖凝胶电泳图。电泳条件:120 V,30 min。Marker:DS2000。目的片段:550 bp。

   ★中国医学科学院血液学研究所      

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图3. 核酸染料YeaRed的琼脂糖凝胶电泳图。电泳条件:150 V,30 min。2%琼脂糖胶。Marker:2000 DNA Marker。目的片段:350 bp。

DNA Marker——琼脂糖凝胶电泳标尺


DNA Marker是分子量不同的DNA片段的组合,主要用途为DNA分子凝胶电泳时,与样品共同加入凝胶中进行电泳分离,通过样品条带与DNA Marker对应条带大小及亮度的对比,可以粗略估算样品DNA分子量的大小以及在溶液中的浓度。

 

目前翌圣生物DNA Marker分子量大小范围覆盖了从50 bp到15 kb的DNA片段,符合绝大多数实验需求。

 

产品特点


❖ 稳定性强,可在室温保存3-6个月;

❖ 背景干净、带型稳定、大小精准;

❖ 含指示带,各条带浓度已知,便于定位及半定量分析;

❖ 已含上样缓冲液,可直接电泳,方便快捷;

❖ 附有5×loading buffer,可供样品加样使用。

 

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使用翌圣核酸电泳系列产品已发表的部分文献

 

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[1] Wang Y, Fu Z, Li X, et al. Cytoplasmic DNA sensing by KU complex in aged CD4+ T cell potentiates T cell activation and aging-related autoimmune inflammation. Immunity. 2021;54(4):632-647.e9. doi:10.1016/j.immuni.2021.02.003(IF:31.745)

[2] Yang X, Gao F, Zhang W, et al. "Star" miR-34a and CXCR4 antagonist based nanoplex for binary cooperative migration treatment against metastatic breast cancer. J Control Release. 2020;326:615-627.doi:10.1016/j.jconrel.2020.07.029(IF:7.727)

[3] Qiao Y, Du J, Ge R, et al. A Sample and Detection Microneedle Patch for Psoriasis MicroRNA Biomarker Analysis in Interstitial Fluid. Anal Chem. 2022;94(14):5538-5545. doi:10.1021/acs.analchem.1c04401(IF:6.986)

[4] Lin Q, Ye X, Huang Z, et al. Graphene Oxide-Based Suppression of Nonspecificity in Loop-Mediated Isothermal Amplification Enabling the Sensitive Detection of Cyclooxygenase-2 mRNA in Colorectal Cancer. Anal Chem. 2019;91(24):15694-15702. doi:10.1021/acs.analchem.9b03861(IF:6.350)

[5] Lin Q, Huang Z, Ye X, et al. Lab in a tube: Isolation, extraction, and isothermal amplification detection of exosomal long noncoding RNA of gastric cancer. Talanta. 2021;225:122090. doi:10.1016/j.talanta.2021.122090(IF:6.057)

[6] Wang W, Nie A, Lu Z, Li J, Shu M, Han H. Catalytic hairpin assembly-assisted lateral flow assay for visual determination of microRNA-21 using gold nanoparticles. Mikrochim Acta. 2019;186(9):661. Published 2019 Aug 30. doi:10.1007/s00604-019-3743-8(IF:5.479)

[7] Wang M, Zhang S, Zheng G, et al. Gain-of-Function Mutation of Card14 Leads to Spontaneous Psoriasis-like Skin Inflammation through Enhanced Keratinocyte Response to IL-17A. Immunity. 2018;49(1):66-79.e5.doi:10.1016/j.immuni.2018.05.012(IF:19.734)

[8] Zhang Y, Ding H, Wang X, et al. MK2 promotes Tfcp2l1 degradation via β-TrCP ubiquitin ligase to regulate mouse embryonic stem cell self-renewal. Cell Rep. 2021;37(5):109949. doi:10.1016/j.celrep.2021.109949(IF:9.423)

[9] Zhu Z, Zhang L, Sheng R, Chen J. Microfluidic-Based Cationic Cholesterol Lipid siRNA Delivery Nanosystem: Highly Efficient In Vitro Gene Silencing and the Intracellular Behavior. Int J Mol Sci. 2022;23(7):3999. Published 2022 Apr 3. doi:10.3390/ijms23073999(IF:5.924)

[10] Zhao C, Yang D, Ye Y, et al. Inhibition of Pim-2 kinase by LT-171-861 promotes DNA damage and exhibits enhanced lethal effects with PARP inhibitor in multiple myeloma. Biochem Pharmacol. 2021;190:114648. doi:10.1016/j.bcp.2021.114648(IF:5.858)

[11] Yu J, Yang W, Xing S, et al. Blended gold/MnO2@BSA nanoparticles for fluorometric and magnetic resonance determination of ascorbic acid. Mikrochim Acta. 2019;186(2):89. Published 2019 Jan 10. doi:10.1007/s00604-018-3205-8(IF:5.479)

[12] Zheng X, Xu W, Sun R, Yin H, Dong C, Zeng H. Synergism between thioredoxin reductase inhibitor ethaselen and sodium selenite in inhibiting proliferation and inducing death of human non-small cell lung cancer cells. Chem Biol Interact. 2017;275:74-85. doi:10.1016/j.cbi.2017.07.020(IF:5.194)




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