琼脂糖凝胶电泳是用琼脂糖作支持介质的一种电泳方法,常用于DNA切胶回收,DNA分离和用于佐证DNA是否重组、质粒等是否切开。
琼脂糖凝胶电泳的分析原理与其他支持物电泳最主要区别是它兼有“分子筛”和“电泳”的双重作用。作为分子筛的琼脂糖凝胶具有网络结构,物质分子通过时会受到阻力,不同大小的DNA分子带电情况不同,在电场中受力也不同,因此从负极向正极迁移的速度不同。大分子物质在涌动时受到的阻力大,因此在凝胶电泳中,带电颗粒的分离不仅取决于净电荷的性质和数量,而且还取决于分子大小,这就大大提高了分辨能力。
如何跑好琼脂糖凝胶电泳?这3项必备:琼脂糖、核酸染料、DNA marker。
琼脂糖——虽然我不甜,但还是想要你宠我
琼脂糖(Agarose)是纯化的线性半乳聚糖亲水胶体,提取自琼脂或者含琼脂的海藻,结构上是一种线性聚合物,由β-D-吡喃半乳糖(1-4)连接3,6-脱水α-L-吡喃半乳糖基构成。
琼脂糖基本参数
硫酸盐含量(sulfate content)——纯度指标;
凝胶强度(gel strength)——施加于凝胶使之断裂的外力;
胶凝点(Gel point)——水溶性琼脂糖溶液冷却后形成凝胶时的温度;
电内渗(EEO)——液体穿透凝胶的一种电动运动。琼脂糖凝胶内的阴离子基团吸附在基质上不会发生迁移,但是解离的阳离子就会朝负极迁移,从而产生电渗。由于样本的电泳迁移通常是朝正极移动,因此EEO产生的内部对流会干扰分离效率。
注:图示为翌圣琼脂糖10208ES60产品展示图。
所以,根据琼脂糖的基本参数,优质的琼脂糖凝胶应该胶孔清晰、胶体不易断,具备纯度高(硫酸盐含量低)、凝胶强度大、胶凝点相对高(常温条件下凝固快)、电内渗低等特点。不同大小的目的片段也对应着不同大小的琼脂糖浓度,根据高浓度适合分离小片段原则,可参考下表找到合适自己的最佳胶浓度。
核酸染料——无毒无公害,核酸尽显形
琼脂糖凝胶电泳必然离不开核酸染料的加持,溴化乙锭(Ethidium bromide,EB)是应用最早的、最成熟的核酸染料,并且由于其价格便宜、灵敏度高,早期被实验者广泛应用。但其分子量小,很轻易就能穿透细胞膜,属于诱变剂,具有高致癌性,对人体潜在危害非常大。实验者使用时需要谨慎再谨慎,另外,单独的EB区占用了实验室的大块空间,废胶、废液的处理费时、费力又费钱,以及不小心碰到EB区的东西可能再也不能重见天日了,真是让人又爱又恨。
随着技术的发展,人们对健康与环境安全的重视,无毒核酸染料应运而生。
那么,市面上宣称的无毒核酸染料真的无毒吗?除了无毒还有什么优势呢? 带着这些问题,可以参考翌圣YeaRed,一款替代EB的安全无毒核酸染料,来作为选择依据。
YeaRed是翌圣生物研发的一种新型无毒核酸染料,具有独特的油性大分子结构,不能穿透细胞膜进入细胞内,不易挥发升华,人体不会吸入,从而最大程度上保证了实验者安全。另外,YeaRed核酸染料进行了Mini-Ames试验,检测结果为阴性,即在凝胶染色浓度下YeaRed核酸染料无毒性。(具体检测报告可向我公司技术咨询)
产品性能测试
图1. 核酸染料YeaRed的琼脂糖凝胶电泳图。电泳条件:120 V,30 min。样品为2000 DNA Marker,1-5上样量分别为1-5 uL。
客户反馈
★复旦大学
图2. 核酸染料YeaRed的琼脂糖凝胶电泳图。电泳条件:120 V,30 min。Marker:DS2000。目的片段:550 bp。
★中国医学科学院血液学研究所
图3. 核酸染料YeaRed的琼脂糖凝胶电泳图。电泳条件:150 V,30 min。2%琼脂糖胶。Marker:2000 DNA Marker。目的片段:350 bp。
DNA Marker——琼脂糖凝胶电泳标尺
DNA Marker是分子量不同的DNA片段的组合,主要用途为DNA分子凝胶电泳时,与样品共同加入凝胶中进行电泳分离,通过样品条带与DNA Marker对应条带大小及亮度的对比,可以粗略估算样品DNA分子量的大小以及在溶液中的浓度。
目前翌圣生物DNA Marker分子量大小范围覆盖了从50 bp到15 kb的DNA片段,符合绝大多数实验需求。
产品特点
❖ 稳定性强,可在室温保存3-6个月;
❖ 背景干净、带型稳定、大小精准;
❖ 含指示带,各条带浓度已知,便于定位及半定量分析;
❖ 已含上样缓冲液,可直接电泳,方便快捷;
❖ 附有5×loading buffer,可供样品加样使用。
使用翌圣核酸电泳系列产品已发表的部分文献
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相关产品
产品定位 |
产品名称 |
产品货号 |
规格 |
琼脂糖 |
10208ES60 |
100 g |
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无毒核酸染料 |
10202ES76 |
500 μL |
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DNA Marker |
10501ES60 |
100 T |
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10504ES60 |
100 T |
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10505ES60 |
100 T |
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10507ES60 |
100 T |
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10510ES60 |
100 T |
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10511ES80 |
1 ml |
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10512ES60 |
100 T |
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10515ES60 |
100 T |
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10516ES60 |
100 T |
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10517ES60 |
100 T |
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10518ES60 |
100 T |