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如何选购甲基化敏感的内切酶

初识DNA甲基化

表观遗传学是指在基因组的核苷酸序列不发生改变的情况下，生物个体表型却发生了可遗传性变化的现象。DNA甲基化是目前研究最深入的表观遗传修饰，是指在DNA甲基转移酶的催化下，以S-腺苷甲硫氨酸为甲基供体，将活性甲基转移至DNA链中特定碱基的化学修饰过程。

图1.胞嘧啶甲基化的过程

 

DNA甲基化可以发生在胞嘧啶的C-5位、腺嘌呤的N-6位、鸟嘌呤的N-7位等，它们分别由不同的DNA甲基化酶催化，生成5-甲基胞嘧啶（5-mC）、N6-甲基腺嘌呤（N6-mA）及7-甲基鸟嘌呤（7-mG）。在哺乳动物中，主要生成为5-甲基胞嘧啶（5-mC）。

 

限制性内切酶的甲基化敏感性

对于甲基化敏感的内切酶而言，当甲基化位点与限制性内切酶识别序列发生重叠，酶切会受到阻断或影响，可分为两种情况：

  • 酶切位点被甲基化后，无法切割的甲基化敏感的限制性内切酶；
  • 酶切位点被甲基化后才能切割的甲基化敏感的限制性内切酶，如DpnI；

一般是下列3个甲基化最为常见：

  • Dam甲基化：在GATC序列中腺嘌呤N6位发生甲基化。
  • Dcm甲基化：在CCAGG和CCTGG序列中第2个胞嘧啶C5位发生甲基化。
  • CpG甲基化：CpG甲基转移酶将甲基转移到C残基的C5位置。（真核生物DNA的CpG甲基化是分布最为广泛的一类甲基化修饰模式）。

图2 .Dam、Dcm、CpG甲基化示意图

 

甲基化敏感的限制性内切酶清单

--了解更多甲基化敏感的内切酶应用

--键盘Ctrl+F，输入相关位点序列快速检索

货号

名称

识别位点

无法切断的序列

CpG

dam

dcm

无法切断的序列

15007ES50

FuniCut®  ClaI

5'-AT↓CGAT-3'
3'-TAGC↑TA-5

AT5mCGAT

□

○

 

(G)6mATCGAT
ATCG6mAT(C)

15009ES25

FuniCut®  EagI

5'-C↓GGCCG-3'
3'-GCCGG↑C-5'

5mCGGC5mCG
5mCGGCCG
CGGC5mCG

□

 

 

 

15016ES60

FuniCut®  MluI

5'-A↓CGCGT-3'
3'-TGCGC↑A-5'

A5mCG5mCGT

□

 

 

 

15020ES30

FuniCut®  NheI

5'-G↓CTAGC-3'
3'-CGATC↑G-5

GCTAG5mC(G)

□

 

 

 

15021ES50

FuniCut®  NotI

5'-GC↓GGCCGC-3'
3'-CGCCGG↑CG-5'

G5mCGGC5mCGC

□

 

 

 

15024ES70

FuniCut®  SalI

5'-G↓TCGAC-3'
3'-CAGCT↑G-5'

GT5mCGAC

□

 

 

 

15027ES60

FuniCut®  SmaI

5'-CCC↓GGG-3'
3'-GGG↑CCC-5'

CC5mCGGG

□

 

 

 

15039ES70

FuniCut®  ApaLI

5'-G↓TGCAC-3'
3'-CACGT↑G-5'

GTGCA5mC(G)

□

 

 

 

15040ES50

FuniCut®  NruI

5'-TCG↓CGA-3'
3'-AGC↑GCT-5'

T5mCG5mCGA
T5mCGCGA

□

○

 

TCGCG6mA(TC)

15043ES50

FuniCut®   SacII

5'-CCGC↓GG-3'
3'-GG↑CGCC-5'

C5mCG5mCGG
C5mCGCGG

□

 

 

 

15050ES60

FuniCut®   BstBI

5'-TT↓CGAA-3'
3'-AAGC↑TT-5'

TT5mCGAA

□

 

 

 

15063ES70

FuniCut®  HpaII

5'-C↓CGG-3'
3'-GGC↑C-5'

C5mCGG

□

 

 

 

15065ES50

FuniCut®  AccI

5'-GT↓MKAC-3'
3'-CAKM↑TG-5'

GT5mCGAC
GTMKA5mC(G)

□

 

 

 

15069ES30

FuniCut®  PvuI

5'-CG AT↓CG-3'
3'-GC↑TAGC-5'

5mCGAT5mCG

□

 

 

 

15072ES60

FuniCut® HhaI

5'-GCG↓C-3'
3'-C↑GCG-5'

G5mCGC
GCG5mC(G)

□

 

 

 

15073ES60

FuniCut® HinP1I

5'-G↓CGC-3'
3'-CGC↑G-5'

G5mCGC
GCG5mC(G)

□

 

 

 

15077ES56

FuniCut® SnaBI

5'-TAC↓GTA-3'
3'-ATG↑CAT-5'

TA5mCGTA

□

 

 

 

注：
□    受CpG methylase（5mCG）甲基化影响的限制性内切酶
□  因序列条件受CpG methylase（5mCG）甲基化影响的限制性内切酶
○   受dam methylase甲基化影响的限制性内切酶（G6mATC）
M    A or C
K     G or T

 

 

400-6111-883