提起传统酶切连接克隆或载体构建,什么让大家苦不堪言?
小A:每次都要纠结于各种限制性内切酶的选择。
小B:操作步骤繁琐,耗时长,至少需三四天才能完成。
小C:每次只能克隆1个目的片段。
小D:片段结合位置上有时会留下“疤痕”。
忘记苦难,今天小编给大家介绍一种新的克隆方法 —— 一步法同源重组技术,带你们脱离苦海!
一步法同源重组技术是一种利用同源序列重组的原理,进行无缝克隆的技术。该技术无需考虑酶切位点,几乎适用于任何载体与任何片段的定向克隆。操作过程简单快速,只需50℃,20min即可完成反应。劲爆的是,多个片段也可以同时一次完成克隆哦!
激动宝宝小C:如此厉害,是如何做到呢?
【秘】一步法同源重组技术的关键在于同源重组酶。它兼具外切酶活性、DNA聚合酶活性及连接酶活性。
外切酶活性:该酶活性能特异性地识别载体和插入片段末端的15-20bp的同源序列,并沿着5'至3'方向,切割双链DNA,从而产生粘性末端,粘性末端的碱基在50℃作用下进行互补配对,将具备同源序列的载体与插入片段“融合”。
DNA聚合酶活性:外切酶作用后,并不能保证将片段和载体的5'末端都降解成一样长的粘性末端,同源末端退火配对后,还存在单链的碱基缺口。此时需要借助DNA聚合酶活性进行修复。
连接酶活性:催化形成磷酸二酯键,将所有缺口缝合,实现无“疤痕”拼接,即无缝克隆。
好奇宝宝小D:外切酶降解双链DNA多长呢?是否会把双链DNA切割成单链导致无法进行片段重组呢?
莫担心,一步法同源重组自有妙招!一步法同源重组的重组反应温度是50℃,远高于外切酶的最适温度。此外,外切酶的含量较低,故重组反应体系中很快会失去外切酶活性。对于200bp以上的双链DNA片段都是完全不用担心的。
心急宝宝小B:这么牛逼的一步法同源重组,快给我们讲讲怎么操作吧。
1.制备载体
需将线性化载体制备好,既可以选择酶切,也可以选择PCR的方式制备线性化载体。
2.设计目的片段引物
在目的片段上下游引物的5'端引入15-25bp左右载体末端同源序列。
3.扩增目的片段
通过PCR的方法,使目的片段的两端加上了与载体末端相应的同源序列.
4.重组反应
按比例混合线性化载体和目的片段,50℃反应20 min。
5.转化,鉴定
将重组产物直接转化后涂平板,挑取克隆进行阳性鉴定。
机智宝宝小A:一步法同源重组有啥应用呢?
一步法同源重组可以应用于定点突变,CRISPR,构建多顺反子表达载体等等。